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活性染料很容易溶于水中。在印染过程中并非所有的活性染料都被纺织纤维使用完，因而随印染废水被排放。它们在耗气环境下几乎完全不能被生物学降解。但是，若干研究展示，处理偶氮活性染料废水可用厌氧工艺。但在厌氧阶段产生的芳香胺类中间产物是致癌物质，但它们能在耗氧步骤进一步降解。变为较无害的最终产物。厌氧一耗氧工艺(它也能作为生物学除磷系统)因而是一个好选择。它可以同时去除有机物、磷和颜色。