我国农业野生植物原生境面临着环境污染、人类农业生产、经济社会发展以及各类违法活动的侵蚀和破坏,建立原生境保护区是保护农业野生植物资源的重要途径之一。基于对当前威胁我国农业野生植物原生境面临的四大因素(自然灾害、农业活动、经济发展、违法活动)的系统梳理的基础上,探讨了现有农业野生植物原生境保护区建设的法规政策体系以及保护区建设现状和存在的主要问题,在此基础上提出了加强保护区建设的几点建议。分析结果表明,当前我国农业野生植物保护区建设存在的主要问题包括:保护区土地权属界定、保护区建设内容限定过窄、忽视保护区管理机构能力建设、对保护区周边农民权益保护不够。为了提高保护区建设工作,文章建议相关部门应该重视以下几个问题:统筹协调行业部门之间的权属差异,重视农业野生植物异位保存工作,修订完善保护区建设技术规范,兼顾保护区民众利益。