新冠肺炎疫情暴发以来，已经蔓延至160多个国家，造成了世界范围的大流行，给全球医疗系统带来了巨大冲击，造成了巨大的经济损失。新型冠状病毒基因组不断发生变异，其免疫逃逸能力更高、传染性更强，感染者趋向于轻症的特点，给疫情防控带来了更大的挑战。中国疫情防控经历了4个阶段，取得了举世瞩目的成绩，证明了中国疫情防控模式的先进性、科学性。快速、强大的病原体检测能力和快速精准的流行病学调查能力是此次新冠疫情能在中国被有效控制的法宝。在医疗机构特别是新冠肺炎定点医院，出现新冠肺炎疫情时及时、高效、规范的流行病学调查是医院内疫情防控的关键。精准的流行病学调查，是医院内对涉疫人群和涉疫区域实施分级管控的前提和基础，是防止疫情在医院内扩散和防止医务人员非战斗减员的保障。医院内新冠疫情的流行病学调查与社会面的流行病学调查相比有其特殊性，需要在小范围内进行更为精准的流行病学调查，既要防止疫情的扩散，又要尽可能的保障普通患者的就医需求。如何开展医院内（重点区域内）疫情流行病学调查将成为疫情防控的新课题。在新冠疫情的医院防控中，中南大学湘雅医院始终坚持在疾病预防控制中心指导下以自身力量为主导完成医院内新冠肺炎疫情流行病学调查，形成了医院流调的湘雅模式。本文结合医院内流行病学调查之湘雅经验，介绍新冠肺炎疫情医院内流行病学调查的意义、方法、主体，以及新形势下医院感染面临的挑战及展望。