基于蛋白质专一性力场和分子动力学模拟研究细胞周期依赖性蛋白激酶5与Roscovitine衍生物的作用机制

来源 :南京工业大学学报(自然科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户：rhux1069

【摘要】

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本文通过分子对接,将极化的蛋白质专一性电荷（PPC）替换AMBERFF03电荷,利用分子动力学模拟（MD）和结合自由能计算等方法研究3种Roscovitine衍生物抑制剂与细胞周期依赖性蛋白激酶5（C

【作者】

：

董珂珂王璇杨雪雨朱小蕾

【机构】

：

南京工业大学化工学院材料化学工程国家重点实验室

【出处】

：

南京工业大学学报(自然科学版)

【发表日期】

：

2017年2期

【关键词】

：

Roscovitine衍生物细胞周期依赖性蛋白激酶5 分子动力学模拟蛋白质专一性电荷 roscovitine derivatives CDK5 mole

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本文通过分子对接,将极化的蛋白质专一性电荷（PPC）替换AMBERFF03电荷,利用分子动力学模拟（MD）和结合自由能计算等方法研究3种Roscovitine衍生物抑制剂与细胞周期依赖性蛋白激酶5（CDK5）的相互作用,分析药物与其周围残基之间的氢键作用以及蛋白质极化对静电作用和范德华作用等的影响。模拟结果表明：3种抑制剂与CDK5的结合模式很相似,范德华力对亲和能有较大贡献。但残基分解分析表明Glu81、Cys83和Lys89与抑制剂形成静电相互作用能显著区分3种不同Roscovitine衍生物类抑制剂

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