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提出了一种处理三维轴对称Helmholtz积分方程子波谱方法的奇异积分方法。对于三维轴对称和三维问题的Helmholtz积分方程,在积分奇异点构造一个小球面,然后减去三维Laplace方程核函数在该球面上的积分,消除奇异积分。算例表明该方法有较高的精度,计算方便,原理上可用于任意三维问题。