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因为水产动物与陆生动物生活环境的巨大差异造成了其肠道菌群结构有较大差异。大多数水产动物的幼苗孵化后便直接暴露于水环境中，立即与水环境中的微生物发生关系，并且在它们的生长过程中，消化管与外界直接相通，与外环境中的水和外界微生物群频繁接触，使得消化道内环境并不稳定。因此，水产动物消化道内菌群的更替和定植，与陆生动物很不相同。