由于司法体制不顺畅，立法及司法解释不完善以及检察机关自身在监督工作中的具体操作程序上不健全等原因，导致我国的检察机关公诉部门在刑事诉讼检察监督实施过程中存在一些问题，作用的发挥不尽人意，亟待解决。
　　（一）刑事侦查监督的现状问题。
　　在整个侦查活动期间，公安机关的某些违法侦查活动存在不可逆性或不可纠正性，如侵犯了诉讼参与人的合法权益，对诉讼参与人某些合法权益的侵犯已经成为事实，即使发出纠正违法通知书，也只能是对责任人作出相应的处罚，预防以后此类问题的再次发生。通过非法手段获取的证据，导致这些证据被排除的，可能是由于时过境迁，再行补充调查已经成为不可能。检察机关主要通过审查批捕和审查起訴阶段审阅案卷来对公安机关侦查活动实施事后监督，虽然检察机关实行了公诉引导侦查取证的改革，力图将监督的关口前移，变事后的纠错式监督为事前的预防式监督，但实践中引导侦查只是针对极少数案件，另一方面，这种引导侦查取证也主要通过给公安机关提供建议和提出意见的方式来进行，由于整个侦查活动都由公安机关内部掌握，在整个侦查阶段，侦查机关有否存在违法侦查情况，检察机关一般无法同步掌握，当然也不能对公安机关侦查活动实施同步监督。
　　（二）刑事审判监督的现状问题
　　(1)庭审监督不力。现行刑事诉讼法对庭审方式进行改革，加重了当庭举证、质证的任务，公诉人把重心放在了公诉质量上，面对繁重的公诉任务在不自觉中忽视了监督职能的履行，出现了重庭辩轻监督的问题。
　　(2)纠正违法滞后。行使审判监督权的目的是确保人民法院统一正确行使审判权，严格依法办事，防止审判权滥用，维护司法公正。但在实际操作中，往往出现对审判程序违法行为监督滞后，丧失力度的情况，公诉人对法庭审理中有无违反法律规定的诉讼情况，只是记明笔录，而非当庭指出，要求纠正。这样规定从尊重合议庭，对庭审的主持角度讲有其合理性，但如过于绝对也可能产生弊端，例如对于一些严重侵犯诉讼参与人合法权益的审判程序违法行为，如不当庭提出纠正意见，只是在庭后提出，有可能会导致无法挽回对其权益侵犯的既成事实，使其承担不利的诉讼后果，或引起再审，造成诉讼资源的不必要浪费。
　　(3)存在监督的空白部位。长期以来，审判监督工作仅注重对公诉案件监督，刑事诉讼法对公诉案件的审判监督作出了明确规定，但对刑事自诉案件的审判活动、进行庭外调查活动、法院决定逮捕及强制措施变更、死刑复核程序等方面，却没有规定实行监督程序和手段，实践中对以上这些环节和程序的监督难以操作，基本上没有开展而形成空白点。
　　(4)对抗诉条件的规定过于原则，刑事诉讼法第181条规定：“地方各级人民检察院认为本级人民法院的第一审判决、裁定确有错误的时候，应当向上一级人民法院提出抗诉。”这里“确有错误”的标准如何界定很含糊。就以量刑为例，确有错误应当是量刑畸轻或畸重，而对这“畸轻畸重”的认识就看法不一，有的认为在量刑幅度以外的才算畸轻或畸重，也有的认为只有在量刑幅度以内的才能称其为畸轻或畸重，这两种完全相反的认识，严重影响了监督的实效性，当前一部分审判人员基于前者的认识，在幅度内随意低标准量刑，对此检察机关束手无策。
　　 (5)刑事审判监督缺乏应有的权威和效力。就抗诉权而言，有的学者认为：“抗诉权在本质上只是一种改判建议权。”实际上确实如此，检察机关的抗诉意见仅限于被法院采纳的范围，即使检察机关依法一抗到底，法院也始终可以裁定驳回。再如纠正违法权，检察机关在审判监督过程中发现违法问题确实可以以口头或书面提出纠正意见，但如果法院拒之不理，那么检察机关则毫无对策。
　　(6)附加刑冲抵主刑的问题。当前法院在刑事判决过程中，往往加重罚金刑而轻化主刑，凡是附带罚金刑的罪种在判决时必判罚金，而且如罚金刑判上去了，主刑一般都在幅度下限量刑，这是一个普遍的问题，严重影响了刑罚质量，但检察机关对此却无能为力。