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感染性疾病是全球儿童致残和死亡的主要原因之一，早期快速精准诊断感染致病原并进行针对性治疗对患儿预后至关重要。分子生物学技术，特别是核酸检测技术的更新和进步极大推动了病原生物学精准检测的发展。核酸分子杂交技术、核酸扩增技术、基因芯片、测序技术、基于基因编辑的病原检测技术等不仅拓展了病原核酸检测的通量，还显著提高了检测灵敏性，已逐渐成为儿童感染性疾病诊断的重要检测手段。现对不同核酸分子检测技术方法、检测时间、检测效能及潜在卫生经济学效益等多方面进行评估，以期明确不同儿童感染性疾病病原检测的适宜策略，为临床医师的遴选提供参考。