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通过对光电倍增管计数统计特性的分析，提出了由于光电倍增管的光电子发射是一个随机过程，在计算光子自相关函数时，就会引入一个Poisson噪声。因此，根据Wiener-Khintchine定理，将时域自相关函数转换为频域的功率谱密度，采用数字滤波的方法滤除Poisson噪声及无效直流信号，可明显提高系统的信噪比，并通过实验证实了该方法的合理性。