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跨学科科研合作是大科学时代科学研究的重要形式,是大学适应知识经济发展的客观要求。从微观视角切入的案例研究发现,制度管理意识缺乏、技术伙伴选择随意、组织文化建设乏力是跨学科组织合作陷入困境的主要原因。基于制度规范的风险规避、基于技术互补的资源共享、基于文化认同的沟通学习是跨学科研究组织有效合作的重要保障。