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长沙王氏是以文章官宦起家的。自始迁祖王霑于明正德十二年（1517）中进士，通判湖南岳州府，后定居长沙城北以来，就是湖南的望族。至十二世出现晚清学界泰斗王先谦，可说是渊源有自，长盛不衰。
王先谦于道光二十二年（1842）七月初一日出生在长沙市营盘街。六岁学为诗文，父亲命其名为先谦，字益吾。十八岁补廪膳生。咸丰十一年（1861）二月其父弃世，年二十的王先谦因“糊口无资”，不得已而投笔从戎，入长江水师向导营任书记。后又两次投军为幕僚，终于同治三年（1864）九月乡试中举，次年中进士，授翰林院庶吉士，散馆授编修。同治八年充国史馆协修，十一年补国史馆纂修。光绪二年（1876）补国史馆总纂。五年，升补翰林院侍讲，充日起居注官，开始编撰乾隆朝《东华续录》一百二十卷。光绪六年充会试同考官，升补国子监祭酒。光绪八年编纂《续古文辞类纂》。光绪十年完成《天命以来十朝东华录》，共四百一十九卷。光绪十一年上疏罢三海工程，以纾民困，矛头直指慈禧太后，结果外放江苏学政，结束了他在京为朝廷史官的生涯。
光绪十一年八月，王先谦以国子监祭酒出任江苏学政。十月抵江阴，驻学署。随后即发放“观风题”，并撰《劝学琐言》，开设南菁书局，汇刻先哲笺注经史遗书，并“捐千金为倡”。
王先谦为学政期间，勤于政事，办事效率极高。他每年的春、夏、秋三季，都要到所属的府、州、县出棚举行岁试、科试。如光绪十二年二月，到苏、松、镇、太四府州举行考试，六月回署后又试常州府属。光绪十三年，二月出棚试徐、海两属，岁、科并行，五月回署后又到常州举行科试;六月奏报岁试完竣，又并科试徐州、海州、常州，八月又出棚科试镇、苏、太、松四属，十一月还出棚科试淮安。光绪十四年，正月科试扬州，二月科试通州，六月科试江宁。而且每次考试的试卷，全都由他亲自过目。有资料说，王先谦阅览文件和起稿均极敏捷。监考时，他端坐暖阁，收到试卷当即批阅，等到终场，已将全部试卷过目一遍，入选的试卷再带回略加复检，即交书房上粉牌提复，所以每场均无积压。
王先谦很看重考生的好文章，曾将他视学江苏“按试岁、科两试所得佳文，刊为《清嘉集》初、二、三编，复选嘉庆以来名人时义刊为《江左制义辑存》”，以作为士子学习的范文。
他在江苏学政任上还做了一件在清代学术史上颇有影响的大事。那就是他在创建仅三年的南菁书院内设立书局，奏准刊刻皇皇巨著《皇清经解续编》一千四百三十卷。如此巨大工程，首尾历时三载方告竣，由当时江阴的一流书坊“宝文堂”雇工百余人精心刻印。为刻印此书，单黄杨木片就用掉一万七千三百六十二块。此书仿照道光九年著名学者阮元在两广总督任内刊刻的《皇清经解》体例，继续收集清人经学著作汇刊。由王先谦负责编辑，叶继幹、王宾监刻。所收著作除顾炎武、王夫之、毛奇龄、万斯大、阎若璩、胡渭、江永、惠栋、程廷祚等数十人的之外，又增加洪亮吉、梁展绳、严可均、马瑞辰、严元照、沈钦韩、陈奂、俞正燮、龚自珍、刘宝楠、俞樾等数十家，共一百一十一家，二百零九种。其中很多是清代学者考订、训释经学的成果，从中可见清代经学之演度，并供研究中国古代历史文化和语言文字之参考，于保存文献、发展学术，功莫大焉。清代文献学家刘锦藻评价说：“维持文献之功，阮氏之后为推先谦矣。”此书自光绪十四年刊行后，年年均重印颁行全国，流传海内外，盖合正、续两编，则集清代经学著作之大成矣。
王先谦任江苏学政时，还重修了学署后于咸丰十年被太平军毁坏的后花园——寄园。他搜集存雪亭诗碑重建碑廊，名曰“墨华榭”，“缀以梅坞竹径，间以菊圃菜畦。奇石列秀，嘉树环植”。又建“永慕庐”三间，供奉王先谦父母遗像，堂曰“虚受”，为朝夕读书游憩之所，王先谦《虚受堂文集》卷十三有《重建寄园记》一文记其事。至今，江阴市中山公园内的学政节署旧址及后花园、墨华榭碑犹在，中有王先谦《和骆公曾存雪亭元韵》诗碑一方。江苏学政衙署遗址有王先谦《灯下阅卷》青铜雕塑一组，展现其灯下批阅考卷的场景。
光绪十四年，王先谦还曾上疏弹劾太监李莲英招摇，请旨惩戒。对此，朝廷虽未能采纳，但王先谦获“直声”甚著。十月任满交卸后，即请假两月回籍修墓，次年二月假期已滿，他又以“病体未痊”，呈请湖南巡抚代奏开缺。三月获准辞官后，便在长沙城东北隅的古荷花池前建筑新宅，名曰“葵园”，随后便开始了他在葵园著述自娱，并主讲于思贤讲舍、城南书院与岳麓书院的中晚年生活。
光绪十六年（1890），回长沙定居后的王先谦应郭嵩焘之聘主讲思贤讲舍。这是郭氏于同治、光绪年间在长沙小吴门正街的船山祠内创办的一所小书院。讲舍取名思贤，意思是思念王船山、曾国藩等先贤。讲舍建成之后，郭嵩焘亲自任主讲，不教举业，专讲经史。不久，因赴京办理洋务，他又出使英、法，讲学被迫停止。待郭氏重返讲舍时，已人到暮年，知道王先谦回乡了，便“固以相让”，请先谦继任主讲。王先谦接任后，又与鹾务公所商定，“岁醵六百金”，在思贤讲舍内设局刻书，“是为湘省思贤书局之始”。书局当年就辑刊了孙鼎臣、周寿昌、王闿运等人的《六家词钞》和毛国翰的《青垣诗钞》。
光绪十七年，因城南书院山长王楷病故，地方大吏再三聘请，王先谦辞思贤而移主城南书院。是年刊《荀子集解》、《世说新语》、《盐铁论》。十八、十九年仍主城南，刻郭嵩焘《养知书屋遗集》、《合校水经注》和吴敏树《柈湖文集》。
光绪二十年，中日甲午海战中，中国海舰全军覆没，湘军又败于辽东半岛的日军枪炮之下，湘人虚骄之气为之顿挫，中国面临着灭种亡国的危机。湘中士绅一改往日保守，而趋于维新，成为戊戌运动的先驱和大本营。正是在这种背景之下，五十三岁的王先谦受湖南巡抚吴大澂之聘，由城南书院山长转任岳麓书院山长，带领称名最古的岳麓书院，开启了具有划时代意义的近代化征程。
教育改革是湖南新政的先导，岳麓书院的改革更是推行湖南新政的排头兵。可以说，岳麓书院的改革从光绪二十二年（1896）开始，二十三年达到高潮，二十四年因陷入与时务学堂的争斗而停滞，而其首倡并力行者，当然是山长王先谦。 岳麓书院的改革，首先是王先谦于光绪二十二年十月发布手谕，订购《时务报》令诸生阅读，以“开广见闻，启发志意”，备国家栋梁之用。这份手谕首先阐明了订购《时务报》的理由：“窃惟士子读书，期于致用。近日文人往往拘守帖括，罕能留意时务，为太平无事时之臣犹之可也。今则强邻逼处，列国纷乘，脧我脂膏，环顾几无所凭恃……为士子者，若不争自振奋，多读有用之书，相与讲明切磋，储为国器，出则疏庸贻笑，无以励相国家，处则迂腐不堪，无以教告子弟。枉生人世，孤负圣明，耻孰甚焉？”认为士子们面对民族危机，必须争自振奋，多读有用之书，而上海《时务报》“议论精审，体裁雅饬，并随时恭录谕旨暨奏疏、西报，尤切要者，洵足开广见闻，启发志意，为目前不可不看之书”。为此，他特意让书院订购了六份《时务报》，“每二斋共阅一份”，“随时派人分送”，让学生“或翻阅抄誊，或略观大意”，由此可见王山长启发学生“期于致用”、“留心时务”的苦心。
其次，为了学以致用，王山长主张对书院课程进行改革。他认为：“中国风气未开，才能未显，故外人声光电化之学，皆宜加意讲求。”因此，他在光绪二十二年的《谕诸生》中重申原奏内定课程一条，分类为六：曰经学，曰史学，曰掌故之学，曰舆地之学，曰算学，曰译学。又《重师道》一条内称，算学、译学目前或非山长所能兼，则举诸生中之通晓者各一人，立为斋长分课之。并强调：“方今时事多艰，培才为急，将欲讲求实用，不能专恃制艺试帖以为造就之资。”（《岳麓书院志·岳麓书院记事录存》）对此，《湘报》41号也曾报道，说岳麓书院“以经义、治事分门，提倡新学”，“添设算学、译学”。这些都为古老的千年书院注入了新鲜空气，也为以后书院改为学堂奠定了基础。
甲午战后的维新运动在全国兴起，湖南一些士绅开始兴办近代工业。王先谦不甘落后，投资银一万两，与黄自元、陈文玮等集股，并拨借官款，于光绪二十二年创设宝善成机器制造公司，始终经理其事。但公司开办数年，折损颇多，不久交给官办，终因经营不善而停办。
与此同时，王先谦还参与了“幡然改图，广开学校，悉师西法”的湖南时务学堂的创办。就在王先谦与蒋德钧、熊希龄、张祖同等申请公款创办宝善成机器制造公司的光绪二十二年冬，蒋“嫌其迹近课利”，乃有创设时务学堂之议，获得众人赞同。于是，公推王先谦领衔，向湖南巡抚陈宝箴呈送设立时务学堂的报告，很快就批准立案。随后，王先谦以绅董身份，与熊希龄、蒋德钧、李维汉、谭嗣同、黄自元、张祖同、陈海鹏、邹代钧一起，组成时务学堂九人董事会，参与学堂决策。王先谦还积极促成《时务报》主笔梁启超、翻译李维格分任时务学堂中、西文总教习，并高规格接待，为梁总教习等人洗尘。应当说，时务学堂创办之初与岳麓书院是同属一条战线的战友，王先谦与梁启超也是互为欣赏的，时务、新学甚至西学是其共同点，而矛盾、斗争都是后来的事情。
王先谦毕竟是覃受皇恩的国子监祭酒，其政治思想不能突破维新派倡为平等、民权的底线，因此徘徊在革新与守旧之间，使岳麓书院与时务学堂和平共处、并行发展了一段时间之后，必然暴露其守旧的一面。新、旧矛盾的焦点在讲学的内容上，用王先谦的话讲，时务学堂所讲已非新学、西学，而是“谬托西教”，“专以无父无君之邪说教人”。梁启超自己也说：“吾侪方醉心民权革命论，日夕以此相鼓吹，札记及批语中，盖屡宣其微言，湘中一二老宿，睹而大哗，群起掎之……戊戌党祸之构成，此实一重要原因也。”（《饮冰室合集》卷三十七）
至光绪二十四年（1898）三月，随着梁启超离开湖南到上海治病，以时务学堂与岳麓书院为代表的新、旧两派的分裂才开始公开化。据唐才常《致欧阳中鹄书》：“外间攻学堂事，三月即有所闻，或谓中丞已厌卓如，或谓日内将使祭酒公代秉三，叶奂彬为总教习。”可见梁启超离湘后，旧派就传出陈宝箴巡抚“已厌”梁教习的话，说不几天就将由王祭酒代替熊希龄为总理，由叶德辉代梁启超为中文总教习。至闰三月初二月，《湘报》第41号即刊出南学会新派人物周启明要求整顿岳麓书院的四点理由，新、旧矛盾已公开，且日趋激烈。
四月二十三日，光绪皇帝下明定国是诏，在全国开展维新运动，维新派更占上风，而使湖南新、旧矛盾激化。五月十二日，岳麓书院斋长宾凤阳、杨宣霖、彭祖年等联名上书山长王先谦，以维护纲常名教、忠孝节义为名，学理上攻击康有为、梁启超的民权、平等主张，称梁启超在时务学堂“是借讲求时务，行其邪说”，“其所以立说者，非西学，实康学耳”。而“康、梁所用以惑世者，民权耳，平等耳，试问权既下移，国谁予治？民可自主，君亦何为？是率天下而乱也”（苏舆《翼教丛编》五编）。组织上攻击时务学堂总理熊希龄及教习谭嗣同、唐才常等，称其邀梁讲学，“邪说浸淫”，使得湘省民心“顿为之一变”，“必欲倾覆我邦家也”。因而，请王山长致书陈巡抚，“从严整顿，辞退梁启超等”。
陈宝箴解除熊希龄时务学堂总理之职、令黄遵宪接替后，王先谦又纠集张祖同、叶德辉等十人向陈宝箴上《湘绅公呈》，将矛头直指在北京主持维新运动的康有为、梁启超，说“中学教习广东梁启超，承其师康有为之学，倡为平等、民权之说”，“自命西学通人，实皆康门谬种，而谭嗣同、唐才常、樊锥、易鼎辈，为之乘风扬波，肆其簧鼓”，为害甚大，应该“严加整顿，屏退主张异学之人”（《虚受堂书札》卷一）。
与此同時，熊希龄也以被解职之身发起反击，在五月二十六日的《湘报》111号上发表其联名《公恳抚院整顿通省书院禀稿》，针锋相对地把矛头直指王先谦和岳麓书院，称全省书院“积弊太深”，“山长多半守旧不通时务之人”，不能“听其坐拥皋比”，必须改聘。次日，熊希龄又在《湘报》再登《上陈中丞书》，回应驳辩王先谦等人对他和时务学堂的攻击，文中乃至有“不能以口舌与争，唯有以性命从事，杀身成仁”之类“仇深莫解”而愿以性命相拼的话。
对此，逞强好胜的湘绅领袖王先谦更挺身而出，致书陈巡抚，提出停刊《湘报》，又串通湘绅，鼓动岳麓、城南、求忠三书院部分学生，齐集省城学宫，商定所谓《湘省学约》，用以约束士人言行，对抗新思想传播。及至戊戌变法失败后，其门人苏舆编辑《翼教丛编》一书，集中攻击和污蔑变法维新，并颂扬王先谦能事先“洞烛其奸，摘发备至”，便使一场始于教育改革的维新运动，最终让位于政治斗争。政治斗争的结果是，平等、民权沦为惑世乱心的异学，王山长成了卫道救世的英雄，而实质上是由卫道而成了保守派的领袖。
光绪二十九年（1903），学堂渐兴，王先谦仍主讲岳麓书院，兼任湖南师范馆馆长。此时资产阶级民主革命正蓬勃兴起，王先谦以“人心不靖”，“邪说朋兴，排满革命之谈充塞庠序”而不复至馆。同年，岳麓书院改为湖南高等学堂。
光绪三十四年，王先谦所著书《尚书孔传参正》等，经巡抚岑春蓂呈送清廷，受到嘉奖，赏内阁学士衔。宣统二年（1910）湖南灾荒，因叶德辉囤谷万石，不肯平价出售，激起长沙抢米风潮，酿成惨案。王先谦以“梗议义粜”，被湖广总督瑞澂奏劾，奉旨“降五级调用”。武昌起义后，他改名遯，避居平江，闭门著书，并罗致文人从事古籍和历史文献的整理刊印。三年后还长沙，至1917年病逝。
王先谦一生博览古今图谱，研究各朝典章制度，治学重考据、校勘，尤喜著述。李肖聃《湘学略·葵园学略》说他“上笺群经，下征国史，旁论文章，用逮诸子”，并誉之为“长沙阁学，季清巨儒，著书满门，门庭广大”，“尤有功于楚学”。其所著述，除前述校刻《皇清经解续编》、《续古文辞类纂》、《十朝东华录》之外，还有《尚书孔传参正》、《诗三家义集疏》、《释名疏证补》、《汉书补注》、《后汉书集解》、《荀子集解》、《合校水经注》及《虚受堂诗文集》等，共计五十余种，三千二百多卷。因而被称为“清末全面研治经史子集的一代宗师”，与王夫之、王文清、王闿运合称为“湖南四王”。
王先谦于道光二十二年（1842）七月初一日出生在长沙市营盘街。六岁学为诗文，父亲命其名为先谦，字益吾。十八岁补廪膳生。咸丰十一年（1861）二月其父弃世，年二十的王先谦因“糊口无资”，不得已而投笔从戎，入长江水师向导营任书记。后又两次投军为幕僚，终于同治三年（1864）九月乡试中举，次年中进士，授翰林院庶吉士，散馆授编修。同治八年充国史馆协修，十一年补国史馆纂修。光绪二年（1876）补国史馆总纂。五年，升补翰林院侍讲，充日起居注官，开始编撰乾隆朝《东华续录》一百二十卷。光绪六年充会试同考官，升补国子监祭酒。光绪八年编纂《续古文辞类纂》。光绪十年完成《天命以来十朝东华录》，共四百一十九卷。光绪十一年上疏罢三海工程，以纾民困，矛头直指慈禧太后，结果外放江苏学政，结束了他在京为朝廷史官的生涯。
勤于政事续编经解
光绪十一年八月，王先谦以国子监祭酒出任江苏学政。十月抵江阴，驻学署。随后即发放“观风题”，并撰《劝学琐言》，开设南菁书局，汇刻先哲笺注经史遗书，并“捐千金为倡”。
王先谦为学政期间，勤于政事，办事效率极高。他每年的春、夏、秋三季，都要到所属的府、州、县出棚举行岁试、科试。如光绪十二年二月，到苏、松、镇、太四府州举行考试，六月回署后又试常州府属。光绪十三年，二月出棚试徐、海两属，岁、科并行，五月回署后又到常州举行科试;六月奏报岁试完竣，又并科试徐州、海州、常州，八月又出棚科试镇、苏、太、松四属，十一月还出棚科试淮安。光绪十四年，正月科试扬州，二月科试通州，六月科试江宁。而且每次考试的试卷，全都由他亲自过目。有资料说，王先谦阅览文件和起稿均极敏捷。监考时，他端坐暖阁，收到试卷当即批阅，等到终场，已将全部试卷过目一遍，入选的试卷再带回略加复检，即交书房上粉牌提复，所以每场均无积压。
王先谦很看重考生的好文章，曾将他视学江苏“按试岁、科两试所得佳文，刊为《清嘉集》初、二、三编，复选嘉庆以来名人时义刊为《江左制义辑存》”，以作为士子学习的范文。
他在江苏学政任上还做了一件在清代学术史上颇有影响的大事。那就是他在创建仅三年的南菁书院内设立书局，奏准刊刻皇皇巨著《皇清经解续编》一千四百三十卷。如此巨大工程，首尾历时三载方告竣，由当时江阴的一流书坊“宝文堂”雇工百余人精心刻印。为刻印此书，单黄杨木片就用掉一万七千三百六十二块。此书仿照道光九年著名学者阮元在两广总督任内刊刻的《皇清经解》体例，继续收集清人经学著作汇刊。由王先谦负责编辑，叶继幹、王宾监刻。所收著作除顾炎武、王夫之、毛奇龄、万斯大、阎若璩、胡渭、江永、惠栋、程廷祚等数十人的之外，又增加洪亮吉、梁展绳、严可均、马瑞辰、严元照、沈钦韩、陈奂、俞正燮、龚自珍、刘宝楠、俞樾等数十家，共一百一十一家，二百零九种。其中很多是清代学者考订、训释经学的成果，从中可见清代经学之演度，并供研究中国古代历史文化和语言文字之参考，于保存文献、发展学术，功莫大焉。清代文献学家刘锦藻评价说：“维持文献之功，阮氏之后为推先谦矣。”此书自光绪十四年刊行后，年年均重印颁行全国，流传海内外，盖合正、续两编，则集清代经学著作之大成矣。
王先谦任江苏学政时，还重修了学署后于咸丰十年被太平军毁坏的后花园——寄园。他搜集存雪亭诗碑重建碑廊，名曰“墨华榭”，“缀以梅坞竹径，间以菊圃菜畦。奇石列秀，嘉树环植”。又建“永慕庐”三间，供奉王先谦父母遗像，堂曰“虚受”，为朝夕读书游憩之所，王先谦《虚受堂文集》卷十三有《重建寄园记》一文记其事。至今，江阴市中山公园内的学政节署旧址及后花园、墨华榭碑犹在，中有王先谦《和骆公曾存雪亭元韵》诗碑一方。江苏学政衙署遗址有王先谦《灯下阅卷》青铜雕塑一组，展现其灯下批阅考卷的场景。
光绪十四年，王先谦还曾上疏弹劾太监李莲英招摇，请旨惩戒。对此，朝廷虽未能采纳，但王先谦获“直声”甚著。十月任满交卸后，即请假两月回籍修墓，次年二月假期已滿，他又以“病体未痊”，呈请湖南巡抚代奏开缺。三月获准辞官后，便在长沙城东北隅的古荷花池前建筑新宅，名曰“葵园”，随后便开始了他在葵园著述自娱，并主讲于思贤讲舍、城南书院与岳麓书院的中晚年生活。
主讲岳麓书院改章
光绪十六年（1890），回长沙定居后的王先谦应郭嵩焘之聘主讲思贤讲舍。这是郭氏于同治、光绪年间在长沙小吴门正街的船山祠内创办的一所小书院。讲舍取名思贤，意思是思念王船山、曾国藩等先贤。讲舍建成之后，郭嵩焘亲自任主讲，不教举业，专讲经史。不久，因赴京办理洋务，他又出使英、法，讲学被迫停止。待郭氏重返讲舍时，已人到暮年，知道王先谦回乡了，便“固以相让”，请先谦继任主讲。王先谦接任后，又与鹾务公所商定，“岁醵六百金”，在思贤讲舍内设局刻书，“是为湘省思贤书局之始”。书局当年就辑刊了孙鼎臣、周寿昌、王闿运等人的《六家词钞》和毛国翰的《青垣诗钞》。
光绪十七年，因城南书院山长王楷病故，地方大吏再三聘请，王先谦辞思贤而移主城南书院。是年刊《荀子集解》、《世说新语》、《盐铁论》。十八、十九年仍主城南，刻郭嵩焘《养知书屋遗集》、《合校水经注》和吴敏树《柈湖文集》。
光绪二十年，中日甲午海战中，中国海舰全军覆没，湘军又败于辽东半岛的日军枪炮之下，湘人虚骄之气为之顿挫，中国面临着灭种亡国的危机。湘中士绅一改往日保守，而趋于维新，成为戊戌运动的先驱和大本营。正是在这种背景之下，五十三岁的王先谦受湖南巡抚吴大澂之聘，由城南书院山长转任岳麓书院山长，带领称名最古的岳麓书院，开启了具有划时代意义的近代化征程。
教育改革是湖南新政的先导，岳麓书院的改革更是推行湖南新政的排头兵。可以说，岳麓书院的改革从光绪二十二年（1896）开始，二十三年达到高潮，二十四年因陷入与时务学堂的争斗而停滞，而其首倡并力行者，当然是山长王先谦。 岳麓书院的改革，首先是王先谦于光绪二十二年十月发布手谕，订购《时务报》令诸生阅读，以“开广见闻，启发志意”，备国家栋梁之用。这份手谕首先阐明了订购《时务报》的理由：“窃惟士子读书，期于致用。近日文人往往拘守帖括，罕能留意时务，为太平无事时之臣犹之可也。今则强邻逼处，列国纷乘，脧我脂膏，环顾几无所凭恃……为士子者，若不争自振奋，多读有用之书，相与讲明切磋，储为国器，出则疏庸贻笑，无以励相国家，处则迂腐不堪，无以教告子弟。枉生人世，孤负圣明，耻孰甚焉？”认为士子们面对民族危机，必须争自振奋，多读有用之书，而上海《时务报》“议论精审，体裁雅饬，并随时恭录谕旨暨奏疏、西报，尤切要者，洵足开广见闻，启发志意，为目前不可不看之书”。为此，他特意让书院订购了六份《时务报》，“每二斋共阅一份”，“随时派人分送”，让学生“或翻阅抄誊，或略观大意”，由此可见王山长启发学生“期于致用”、“留心时务”的苦心。
其次，为了学以致用，王山长主张对书院课程进行改革。他认为：“中国风气未开，才能未显，故外人声光电化之学，皆宜加意讲求。”因此，他在光绪二十二年的《谕诸生》中重申原奏内定课程一条，分类为六：曰经学，曰史学，曰掌故之学，曰舆地之学，曰算学，曰译学。又《重师道》一条内称，算学、译学目前或非山长所能兼，则举诸生中之通晓者各一人，立为斋长分课之。并强调：“方今时事多艰，培才为急，将欲讲求实用，不能专恃制艺试帖以为造就之资。”（《岳麓书院志·岳麓书院记事录存》）对此，《湘报》41号也曾报道，说岳麓书院“以经义、治事分门，提倡新学”，“添设算学、译学”。这些都为古老的千年书院注入了新鲜空气，也为以后书院改为学堂奠定了基础。
始与维新终于守旧
甲午战后的维新运动在全国兴起，湖南一些士绅开始兴办近代工业。王先谦不甘落后，投资银一万两，与黄自元、陈文玮等集股，并拨借官款，于光绪二十二年创设宝善成机器制造公司，始终经理其事。但公司开办数年，折损颇多，不久交给官办，终因经营不善而停办。
与此同时，王先谦还参与了“幡然改图，广开学校，悉师西法”的湖南时务学堂的创办。就在王先谦与蒋德钧、熊希龄、张祖同等申请公款创办宝善成机器制造公司的光绪二十二年冬，蒋“嫌其迹近课利”，乃有创设时务学堂之议，获得众人赞同。于是，公推王先谦领衔，向湖南巡抚陈宝箴呈送设立时务学堂的报告，很快就批准立案。随后，王先谦以绅董身份，与熊希龄、蒋德钧、李维汉、谭嗣同、黄自元、张祖同、陈海鹏、邹代钧一起，组成时务学堂九人董事会，参与学堂决策。王先谦还积极促成《时务报》主笔梁启超、翻译李维格分任时务学堂中、西文总教习，并高规格接待，为梁总教习等人洗尘。应当说，时务学堂创办之初与岳麓书院是同属一条战线的战友，王先谦与梁启超也是互为欣赏的，时务、新学甚至西学是其共同点，而矛盾、斗争都是后来的事情。
王先谦毕竟是覃受皇恩的国子监祭酒，其政治思想不能突破维新派倡为平等、民权的底线，因此徘徊在革新与守旧之间，使岳麓书院与时务学堂和平共处、并行发展了一段时间之后，必然暴露其守旧的一面。新、旧矛盾的焦点在讲学的内容上，用王先谦的话讲，时务学堂所讲已非新学、西学，而是“谬托西教”，“专以无父无君之邪说教人”。梁启超自己也说：“吾侪方醉心民权革命论，日夕以此相鼓吹，札记及批语中，盖屡宣其微言，湘中一二老宿，睹而大哗，群起掎之……戊戌党祸之构成，此实一重要原因也。”（《饮冰室合集》卷三十七）
至光绪二十四年（1898）三月，随着梁启超离开湖南到上海治病，以时务学堂与岳麓书院为代表的新、旧两派的分裂才开始公开化。据唐才常《致欧阳中鹄书》：“外间攻学堂事，三月即有所闻，或谓中丞已厌卓如，或谓日内将使祭酒公代秉三，叶奂彬为总教习。”可见梁启超离湘后，旧派就传出陈宝箴巡抚“已厌”梁教习的话，说不几天就将由王祭酒代替熊希龄为总理，由叶德辉代梁启超为中文总教习。至闰三月初二月，《湘报》第41号即刊出南学会新派人物周启明要求整顿岳麓书院的四点理由，新、旧矛盾已公开，且日趋激烈。
四月二十三日，光绪皇帝下明定国是诏，在全国开展维新运动，维新派更占上风，而使湖南新、旧矛盾激化。五月十二日，岳麓书院斋长宾凤阳、杨宣霖、彭祖年等联名上书山长王先谦，以维护纲常名教、忠孝节义为名，学理上攻击康有为、梁启超的民权、平等主张，称梁启超在时务学堂“是借讲求时务，行其邪说”，“其所以立说者，非西学，实康学耳”。而“康、梁所用以惑世者，民权耳，平等耳，试问权既下移，国谁予治？民可自主，君亦何为？是率天下而乱也”（苏舆《翼教丛编》五编）。组织上攻击时务学堂总理熊希龄及教习谭嗣同、唐才常等，称其邀梁讲学，“邪说浸淫”，使得湘省民心“顿为之一变”，“必欲倾覆我邦家也”。因而，请王山长致书陈巡抚，“从严整顿，辞退梁启超等”。
陈宝箴解除熊希龄时务学堂总理之职、令黄遵宪接替后，王先谦又纠集张祖同、叶德辉等十人向陈宝箴上《湘绅公呈》，将矛头直指在北京主持维新运动的康有为、梁启超，说“中学教习广东梁启超，承其师康有为之学，倡为平等、民权之说”，“自命西学通人，实皆康门谬种，而谭嗣同、唐才常、樊锥、易鼎辈，为之乘风扬波，肆其簧鼓”，为害甚大，应该“严加整顿，屏退主张异学之人”（《虚受堂书札》卷一）。
与此同時，熊希龄也以被解职之身发起反击，在五月二十六日的《湘报》111号上发表其联名《公恳抚院整顿通省书院禀稿》，针锋相对地把矛头直指王先谦和岳麓书院，称全省书院“积弊太深”，“山长多半守旧不通时务之人”，不能“听其坐拥皋比”，必须改聘。次日，熊希龄又在《湘报》再登《上陈中丞书》，回应驳辩王先谦等人对他和时务学堂的攻击，文中乃至有“不能以口舌与争，唯有以性命从事，杀身成仁”之类“仇深莫解”而愿以性命相拼的话。
对此，逞强好胜的湘绅领袖王先谦更挺身而出，致书陈巡抚，提出停刊《湘报》，又串通湘绅，鼓动岳麓、城南、求忠三书院部分学生，齐集省城学宫，商定所谓《湘省学约》，用以约束士人言行，对抗新思想传播。及至戊戌变法失败后，其门人苏舆编辑《翼教丛编》一书，集中攻击和污蔑变法维新，并颂扬王先谦能事先“洞烛其奸，摘发备至”，便使一场始于教育改革的维新运动，最终让位于政治斗争。政治斗争的结果是，平等、民权沦为惑世乱心的异学，王山长成了卫道救世的英雄，而实质上是由卫道而成了保守派的领袖。
光绪二十九年（1903），学堂渐兴，王先谦仍主讲岳麓书院，兼任湖南师范馆馆长。此时资产阶级民主革命正蓬勃兴起，王先谦以“人心不靖”，“邪说朋兴，排满革命之谈充塞庠序”而不复至馆。同年，岳麓书院改为湖南高等学堂。
光绪三十四年，王先谦所著书《尚书孔传参正》等，经巡抚岑春蓂呈送清廷，受到嘉奖，赏内阁学士衔。宣统二年（1910）湖南灾荒，因叶德辉囤谷万石，不肯平价出售，激起长沙抢米风潮，酿成惨案。王先谦以“梗议义粜”，被湖广总督瑞澂奏劾，奉旨“降五级调用”。武昌起义后，他改名遯，避居平江，闭门著书，并罗致文人从事古籍和历史文献的整理刊印。三年后还长沙，至1917年病逝。
王先谦一生博览古今图谱，研究各朝典章制度，治学重考据、校勘，尤喜著述。李肖聃《湘学略·葵园学略》说他“上笺群经，下征国史，旁论文章，用逮诸子”，并誉之为“长沙阁学，季清巨儒，著书满门，门庭广大”，“尤有功于楚学”。其所著述，除前述校刻《皇清经解续编》、《续古文辞类纂》、《十朝东华录》之外，还有《尚书孔传参正》、《诗三家义集疏》、《释名疏证补》、《汉书补注》、《后汉书集解》、《荀子集解》、《合校水经注》及《虚受堂诗文集》等，共计五十余种，三千二百多卷。因而被称为“清末全面研治经史子集的一代宗师”，与王夫之、王文清、王闿运合称为“湖南四王”。