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[摘要] 目的 研究本地区HCV病毒分离株的分型,为临床治疗提供依据。方法 利用PCR技术克隆并测定NS5B基因片段的核苷酸序列,并对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。结果 克隆的NS5B片段的核苷酸和氨基酸序列与HCV-Ⅱ型代表株相应部分序列的同源性最高,而且氨基酸序列比较结果显示,37个分离株中RNA聚合酶结构及其相关序列无任何变异。结论 该分离株应属HCV-Ⅱ型。NS5B基因片段可能在病毒复制中起重要作用。
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由于丙肝患者的血中RNA滴度较低,所以本研究采用逆转录与第一轮PCR反应在同一管中进行,而且在逆转录反应完成后,先以低退火温度反应5个循环,第一轮PCR完成后,以其产物为模板,用内引物进行巢式扩增,巢式PCR反应的敏感性比第一轮PCR反应高10倍左右。在第一轮PCR中先进行42℃退火5个循环,可有效地提高扩增效果。在HCV-RNA阳性血清中可能存在RNA复制的中间体-负链RNA,将逆转录与第一轮PCR在同一管中进行,由于同时加入正反向引物,逆转录反应可同时双向进行,使cDNA模板量增加,增强了扩增效果。此外,逆转录与第一轮PCR反应在同一管中进行,也减少了由于反复加样操作污染的可能性。
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