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蛋白质组学研究的核心技术是蛋白质成分的分离和鉴定。通过鉴定蛋白质组结构、功能及其各蛋白质间的相互作用关系，最终实现蛋白质组表达模式和功能模式的研究，其表达模式的鉴定技术主要有以质谱为核心的技术、蛋白质微测序和氨基酸组成分析等。了解肽和蛋白质的序列对理解其功能具有重要意义，测定其序列也是当前生命科学研究中的重要内容之一。质谱作为高灵敏度的测定分子结构的仪器，其高灵敏度、广泛的适用性及快速性等特性使它具有很大潜力，发展成为辅助传统测序方法的新方法，并得到了广泛的关注。