长江经济带发展与黄河流域生态保护和高质量发展是我国依托大江大河实施的重大国家战略，文章采用Super-SBM模型和GML指数法测算了长江经济带与黄河流域生态效率及分解指标，建立面板Tobit模型识别生态效率的影响因素。研究发现：两大区域生态效率整体呈现上升态势，长江经济带生态效率GML指数高于全国水平，黄河流域低于全国水平。党的十八大之后，长江经济带与黄河流域生态效率都实现快速提升，技术进步是生态效率提升的主要驱动因素，空间分布表现为“东高西低”特征。长江经济带生态效率的泰尔指数呈U型特征，黄河流域则呈倒N型特征。经济发展、产业结构、环境规制、对外开放和基础设施对生态效率产生显著影响，外部因素的影响效果在区域间和区域内存在差异。新时代推进生态文明建设要坚持生态优先、绿色发展之路，多维度构建绿色发展的体制机制，注重区域间差异化发展和协同发展相结合。