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玛纳斯县北部沙漠的荒漠植被年内变化特征为:4月植被开始返青,5月底植被盖度均较4月减少,6月随着短命植物完成生活史,植被盖度显著降低,7月由于有一定量的降水,植被盖度有所上升,8月后降雨明显减少,大量的一年生草本植物因干旱而死亡,多年生草本植物枯梢和灌木植物生长势降低,植被盖度下降,到10月底植被盖度降到最低。未封育区牲畜采食使植被难以恢复,践踏使沙地不能稳定,梭梭灌木林地风蚀严重,草本植物的数量少于封育区,梭梭灌木林分布不均匀;而封育区植被盖度较大,梭梭灌木林分布较均匀,梭梭灌木林地稳定,形成了较为稳定