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[期刊论文] 作者：郎显宇,陆忠华,迟学斌,
来源：生物数学学报 年份：2006
生物信息学中，发现、鉴别新基因是承上启下的一步，它既承接了过往如“基因组测序”的工作，又是未来“后基因时代”研究的基石．“基因电脑克隆”是利用计算手段发现、鉴别新基因的......
[期刊论文] 作者：郎显宇,陆忠华,迟学斌,
来源：计算机学报 年份：2007
跨物种的生物序列比较已经被广泛应用丁基因功能预测，而越来越多的实验表明序列相似性并不足以保证基因功能相似．为了精确确定基因功能，不仅需要考虑序列性质，还需探索基因表达信......
[期刊论文] 作者：牛北方,郎显宇,陆忠华,迟学斌,,
来源：计算机应用研究 年份：2008
对mRNA可变剪接问题进行了并行化分析和研究,解决了原AltSplice程序中Nbest参数选取欠合理的问题,结合实验实现了基于MPI平台的并行AltSplice版本MPI_AltSplice,并在5万亿次的联想深腾6800高性能计算机上获得了较好的运行性能。......
[期刊论文] 作者：涂强,郎显宇,陆忠华,迟学斌,
来源：计算机工程 年份：2010
InsPecT软件能通过盲搜索对蛋白质翻译后修饰进行鉴定，但其计算时间和复杂度较高。针对该问题分别采用对等模式和主从模式实现2种并行优化方案。比较结果表明，以主从模式并行的......
[期刊论文] 作者：曹宗雁,郎显宇,刘昕,迟学斌,,
来源：计算机应用 年份：2011
针对生物信息学研究中的超大规模序列比对计算问题进行了研究,解决了现有的e-PCR软件包在处理小麦基因引物扩增比对任务中存在的内存瓶颈、I/O瓶颈和计算时间瓶颈问题,利用数据和任务分割的基本方法,使其最关键的引物与模板的比对计算能够大规模并行,进而采用基......
[期刊论文] 作者：余晓哲,郎显宇,陆忠华,迟学斌,,
来源：计算机应用研究 年份：2008
针对一种非常有效的信号识别算法——滑窗法(sliding window,SW),在其嵌入的串行信号识别流程基础上提出并行处理方案,并基于MPI(message passing interface)平台实现并行优化版本。这在基因芯片研究领域是个崭新的思路。最后,根据公共数据Affymetrix(2005) Til......
[期刊论文] 作者：黄潘育,郎显宇,周纯葆,陆忠华,
来源：科研信息化技术与应用 年份：2004
蛋白质翻译后修饰鉴定是计算蛋白质科学的重要研究方向，研发速度快和精度高的鉴定算法及软件，是该方向的一个主要问题。本文回顾了蛋白质翻译后修饰鉴定的各类算法，并主要对蛋白......
[期刊论文] 作者：郎显宇,牛北方,沈斌,陆忠华,迟学斌,
来源：计算机研究与发展 年份：2005
分子空间结构相似性比较的指标函数可以定量地描述两个分子空间结构相似性大小,但难题在于如何确定分子初始相对位置,以保证得到全局最优叠合.由于以往都是利用程序随机生成...
[期刊论文] 作者：翟艳堂,涂强,郎显宇,陆忠华,迟学斌,,
来源：计算机应用研究 年份：2010
对MS-Alignment算法进行分析得出该算法很难满足大规模数据对鉴定速度的要求,而且具有的一个特点是相同的任务在不同的数据上重复计算,为数据划分提供了基础。基于CUDA编程模型使用图形处理器(GPU)对步骤数据库检索及候选肽段生成进行加速优化,设计了该步骤在单......
[期刊论文] 作者：牛北方,张西广,刘涛,郎显宇,陆忠华,迟学斌,
来源：计算机工程 年份：2009
针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准...
[期刊论文] 作者：朱骥,杨华,牛北方,郎显宇,陆忠华,迟学斌,,
来源：计算机应用研究 年份：2006
Motif在转录和后转录水平的基因表达调控中起着重要的作用。目前,识别Motif的算法和相应的软件已有不少,但是却鲜有对各种算法及软件性能共同评测的研究和报告。介绍了算法的分类以及三种常见的Mo-tif识别算法W ordup,MM和G ibbs采样,并对A lignACE,MEME,MotifS......
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