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在低碳经济背景下进行区域产业创新，应加强创新主体的协同合作，形成比较完善的"一体两翼"系统，"一体"指以区域低碳产业创新体系为核心，"两翼"分别指以"政府、市场"为主体的宏观区域创新环境和以"企业、科研机构"为主体的微观低碳创新技术。政府和市场对区域低碳产业创新提供支持，企业和科研机构对区域低碳技术进行创新并扩散，区域内创新主体之间进行协调合作，形成一种合力共同推进区域产业创新。