【摘 要】
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小RNA高通量测序及组装技术是鉴定植物DNA和RNA病毒的有效方法.田间采集表现不同症状的烟草病毒病样本,经RNA提取,小RNA分离,构建小RNA文库进行高通量测序以期探明样本病
【机 构】
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安徽省农业科学院烟草研究所,合肥市农科南路40号,230031
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小RNA高通量测序及组装技术是鉴定植物DNA和RNA病毒的有效方法.田间采集表现不同症状的烟草病毒病样本,经RNA提取,小RNA分离,构建小RNA文库进行高通量测序以期探明样本病毒组.小RNA经Velvet和Oases组装成重叠群,Oases组装的重叠群平均长度290nt,其组装结果是Velvet组装重叠群长度的4.3倍.因此,通过Oases组装的重叠群可以更好的获得病毒基因组序列并发现新病毒.组装的重叠群与GenBank已经报道的序列进行核酸和蛋白比对,采集样本中发现12种已知病毒和一种新病毒.其中一种病毒与已经报道的Mint virus 1同源性达65％,初步命名为Mint like virus 安徽分离物(MLV-AH).MLV-AH基因组全长15396nt,包含9个开放阅读框.同源性热激蛋白70 Hsp70h序列聚类分析表明,MLV-AH属于线性病毒属Closterovirus新成员.该研究首次报道了线性病毒属成员可以侵染烟草.
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