分析来源于病毒的小RNA深度测序数据挖掘新的核盘菌病毒

来源 :中国植物病理学会第十二届青年学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:a2590222
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  真菌病毒(fungal virus或mycovirus)是一类感染真菌并在其中复制的病毒,在真菌中分布广泛,而且种类丰富.课题组前期分离得到一株形态异常核盘菌菌株SZ-150,该菌株对油菜及其他寄主表现出弱毒性状,是一株典型弱毒菌株.提取菌株dsR-NA并克隆其序列,先前确定菌株SZ-150中含有两种病毒(SsRV1和SsHV1)和一种卫星RNA(SatH).其中,病毒SsRV1与来自葱属葡萄孢的双节段病毒BpRV1属于同一个种的不同菌株,病毒SsHV1与感染板栗疫病菌的低毒病毒科(Hypoviridae)中的低毒病毒3 (Cryphonectria hypovirus 3)有很高同源性,而SatH是病毒SsHV1的卫星RNA.为了验证菌株SZ-150是否仅仅含有以上病毒信息,对该菌株中来源于病毒的小RNA进行了深度测序,进一步对菌株中病毒产生的小RNA序列分析拼接.结果发现,除了获得来源于上述两种病毒及卫星RNA的小RNA信息外,还获得了来自另外一种未被报道的RNA病毒(暂且命名为SsTV1)的小RNA信息.随后根据小RNA序列信息对该病毒进行序列拼接、克隆,获得了病毒SsTV1不完整序列.序列分析表明该病毒3'端具有Poly(A)结构,仅含有一个开放阅读框,编码1 757个氨基酸的多聚蛋白,含有甲基转移酶(methyltransferase)、解旋酶(helicase)以及依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)三个保守结构域,与芜菁花叶病毒科(Tymoviridae)内的病毒具有低同源性,相似性仅为26%左右.遗传聚类分析表明SsTV1隶属于芜菁花叶病毒目(Tymovirales),且与Tymoviridae的病毒在进化树中关系最近,但其独立成为一支.而且病毒SsTV1基因组结构与隶属于Tymoviridae的典型病毒有显著区别,因此,初步推定SsTV1是隶属于Tymovirales目的一个全新正单链RNA病毒,建议以该病毒为模式种建立一个新病毒科.利用原生质体再生技术,得到一株含有SsTV1病毒但致病力等表型正常的再生菌株,由此推断病毒SsTV1对寄主的致病力等生物学特性影响有限.对病毒SsTV1的分子特性及其在病毒中的进化关系正在进一步分析中.
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