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双生病毒是世界范围内广泛发生的一类具有孪生颗粒形态的植物单链DNA病毒,至今已在多个国家和地区的多种作物上造成毁灭性危害.2014年8月份从河南省郑州市中牟县、新乡市、焦作市马村区、安阳市汤阴县保护地栽培番茄植株上采集到37份表现严重矮化、黄化和曲叶症状的疑似感染双生病毒的样本.利用双生病毒简并引物扩增得到约535 bp的特异片段,序列经过初步分析后再分别利用中国番木瓜曲叶病毒(Papaya leaf curl China virus,PaLCuCNV)全长引物和番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)特异引物进行检测,分别得到2 749 bp和833 bp的特异核苷酸序列.以PaLCuCNV全长引物扩增的片段,经测序后BLAST比对发现,河南省郑州市中牟县的五个分离物以及焦作市马村区、安阳市汤阴县的各一个分离物与GenBank已登录的中国番木瓜曲叶病毒焦作分离物(登录号：JX555979)最为接近,核苷酸一致率为99.40％,确定上述地区设施番茄被PaLCuCNV侵染,发病范围有所扩大.37份样品以TYLCV全长引物扩增,均能得到特异性的片段,经测序后与Gen-Bank已登录的其他TYLCV分离物的序列核苷酸一致率为99.04％.同时利用双生病毒卫星分子DNAβ特异引物对上述样品进行PCR扩增、克隆和测序,在焦作市马村区TYLCV阳性样品中扩增到DNAβ分子,全长为1 331 bp,上述结果表明河南设施番茄中TYLCV普遍发生,且部分伴随卫星DNAβ,局部地区有PaLCuCNV发生侵染为害且多与TYLCV混合侵染.同时,根据PaLCuCNV,TYLCV和卫星DNAβ已发表的序列设计PCR扩增引物,建立了特异性检测PaLCuCNV,TYLCV和DNAβ的单一、双重PCR体系并对引物的灵敏度进行了检测.目前,TYLCV在山东、河南、河北、天津、广西、广东种植区已大面积暴发,严重影响农业生产.PaLCuCNV近几年呈蔓延流行趋势,且在市场上并没有抗PaLCuCNV品种.对不同地区TYLCV和PaLCuCNV分离物的全基因组序列测定,分析TYLCV和PaLCuCNV分离物的分类归属和种群遗传变异情况,推测我国TYLCV和PaLCuCNV发生严重的原因,以及预测TYLCV和PaL-CuCNV在今后的存在和发生情况,为各省防治TYLCV和PaLCuCNV提供理论基础.