为揭示自然选择对马铃薯Y病毒(Potato virusY,PVY)功能基因进化的影响,本文对采自1938 ～2012年、涵盖22个国家的190个PVY分离物全基因组编码区进行了选择压力分析,并通过系统发育与性状关联分析(Phylogeny-trait association analysis)检验其寄主和地区适应性。结果显示,在PVY编码区的11个蛋白质中,P1蛋白的遗传距离最长,PIPO次之,表明这两个蛋白编码区变异较大；而P3、6K1、6K2和CI蛋白的遗传距离较短,表明这4个病毒蛋白编码区相对保守。生物信息学分析发现该病毒基因组编码区存在大量的选择位点,其中受净化选择(Purifying selection)的位点数远高于正向选择(Positive selection)的位点数,表明PVY基因中许多突变都是有害的。除了6K1、6K2两个基因外,在其他9个基因中均检测到部分正向选择位点,表明有些变异有利于该病毒的生存竞争。适应性检验显示来自不同寄主的PVY群体分化显著。就地区适应性而言,除了南美群体外,亚洲、欧洲、北美、非洲4个地区群体也存在明显的适应性分化。由此可见,寄主和自然环境的选择压力是PVY编码区基因进化的重要推动力。