地黄属是以传统中药材地黄为代表的玄参科多年生草本植物。迄今为止,没有完整的地黄属质体基因组测序数据,地黄属的分类由于其频繁杂交和多倍化而变得困难,而一般的分子标记所包含的信息位点有局限性,不足以清楚地揭示其系统发育关系。在这里,我们报告了6个地黄属物种完整的质体基因组序列。地黄属的质体基因组的长度为153622-154055bp,共编码133个基因,包含88个蛋白编码基因、37个tRNA基因及8个rRNA基因,其中115是单拷贝基因。地黄属质体基因组存在一般被子植物所共有的结构,其基因内容和排列顺序与已公布的玄参科其他质体基因组非常类似。与其它草本植物一样,地黄属的属内6个质体基因组序列差异也非常小。本研究还分析了地黄属质体基因组的重复序列,并检测是否有基因受到正选择作用。最后,我们构建了唇形目23个物种基于叶绿体基因组数据的系统发育树并获得了较高的支持率,这表明利用叶绿体基因组解决该属的系统发育关系是有效的。