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学术权力与行政权力是高校内部基本的权力系统，但由于价值观念、体制等原因二者存在理念、作用方式以及权力主体和权力客体的冲突，冲突的存在除了有主体本末倒置、价值系统错位、教育资源浪费等方面的消极作用外，还有在作用范围、学校管理、凝聚力等方面具有积极的作用，通过树立学术本位理念、健全学术组织机构、厘清行政权力与学术权力的界限等措施既可以充分发挥其积极作用又可尽量规避其消极影响。