【摘 要】
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力场对于分子模拟起着根本性的作用,一个好的力场必须包含大量的参数,有广泛的适用性和准确性。但是由于化学结构的巨大多样性,没有一个通用力场(AMBER,CHARMM,COMPASS等
【机 构】
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上海交通大学化学化工学院,上海 200240
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力场对于分子模拟起着根本性的作用,一个好的力场必须包含大量的参数,有广泛的适用性和准确性。但是由于化学结构的巨大多样性,没有一个通用力场(AMBER,CHARMM,COMPASS等等)可以是完整并且准确的,缺失力场参数是分子模拟中一个常见的问题。另一方面,世界各地的研究人员开发了许多不同类型、不同适用范围的力场,散布在文献中。如果能够有效地利用这一资源,就有可能彻底解决力场参数缺失的问题。为此我们开发了一个基于互联网的、适用于有机分子和高分子(软材料)的力场数据库平台(WebFF)。该平台包含三个主要功能:(1)提供开放的力场参数使用和下载功能。使用者可以选择一个或若干个力场,根据使用者提供的分子结构信息,软件自动搜索并组合适当的力场,输出参数;也可根据用户需要,制备成可用于常用软件(LAMMPS和GROMACS)的力场参数文件;(2)提供开放的上传力场的功能。力场开发者可以通过这一平台发布新的力场。除了参数以外,开发者需提供原子类型的定义,验证参数的数据,力场的适用范围等关键信息;软件根据用户输入,自动验证数据的完整性和一致性;达到更好更容易共享参数的目的(3)提供一个网络用户界面,使用者可以容易地搜索、查看和管理数据库的力场及其相关信息。
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