巧克力囊肿，是指子宫内膜异位瘤，换句话说，就是发生於卵巢内的子宫内膜异位症，因为月经每月的来潮，这些异位的内膜组织，也会产生月经，因此造成经血堆积於卵巢内，结果就形成卵巢肿瘤，因所包住的内容物颜色，极像巧克力的样子，故通称巧克力囊肿。要了解巧克力囊肿，先要了解子宫内膜，要了解子宫内膜就要先了解子宫的结构，一般子宫璧有三层，依照由内而外的结构而论，依次为子宫内膜层、肌肉层和浆膜层。因为子宫内膜有可能移位到子宫以外的地方生长，所以子宫内膜异位症，就是移位的到一些子宫邻近组织如骨盆腔内的子宫附属韧带、翰卵管、卵巢、腹膜等不正常的发育生长。为何不在子宫的内膜组织还会发育生长呢？这是因为这些异位的子宫内膜组织细胞是活的细胞，它也会随着体内的荷尔蒙的变化而生长，更会像在子宫的内模组织一样的定期脱落出血。