水库大坝工程修建后的大坝阻隔不可避免地会对河道生态完整性、水生生物、下游湿地、湖滨沼泽及物种多样性、陆生动植物等产生一定程度影响,有些严重影响了河道生态健康,因此采取合适的措施尽量减缓和减少影响、实现人水和谐,是工程建设者们一直以来追求的目标。新疆特殊的地理位置、气候条件形成了其特殊的生态环境禀赋,修建的山区水库不仅需承担防洪、灌溉、发电、生态流量下泄等综合性任务,而且是调控区域水资源配置不可或缺的主要措施。21世纪以来,围绕水库大坝建设与生态环境保护,逐步形成了高坝以人工增殖放流、升鱼机、集运鱼船为主,中低坝则以仿生鱼道、鱼闸为主的鱼类综合性保护措施体系;河道生态流量枯水期不低于10%、丰水期不少于30%的最低生态需水的运行要求;修建分层取水口解决低温水下泄对河道鱼类、下游农田灌溉的影响;通过多库联调下泄人造洪峰对河谷林进行淹灌以保护河谷生态。在多个工程上开展了生态环境保护的实践。