研究背景与目的:炎症性肠病（inflammatory bowel disease,IBD）是一种以反复的胃肠道慢性炎症为主要表现的自身免疫性疾病,其主要由2种亚型组成:溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）和克罗恩病（crohn’s disease,CD）。IBD相关的结肠癌（IBD-related colorectal cancer,IBD-CRC）遵循“炎症-异型增生-癌症”的发病过程,是长病程IBD病人主要且严重的并发症之一。然而,IBD和IBD-CRC的确切致病机制尚不清楚,对IBD和IBD-CRC的防治仍是临床工作中面临的巨大挑战。胞葬（efferocytosis）是指巨噬细胞将发生程序性死亡的凋亡细胞吞噬清除的生物学过程,其主要由识别、吞噬、消化和清除凋亡细胞四部分构成,每一过程都有相应的分子和配体进行精细且复杂的调控。胞葬作用的成功或失败分别激活不同的下游效应分子,发挥抑炎或促炎作用。IBD和IBD-CRC的肠道特征之一是持续性炎症反应,胞葬在IBD和IBD-CRC中是如何发挥作用?众多胞葬相关分子在IBD和IBD-CRC中如何相互平衡和串扰以维持机体稳态?目前尚无报道。T细胞免疫球蛋白粘蛋白结构域分子4（T cell immunoglobulin and mucin domain4,Tim4）是主要在抗原提呈细胞表面表达的免疫调控分子,其可通过多种不同方式和途径参与免疫过程并维持机体稳态。Mertk是TAM受体酪氨酸激酶亚家族的成员之一,其在炎症、细胞粘附、迁移和增殖中发挥重要作用。研究表明,巨噬细胞上的Tim4能够与凋亡细胞表面的磷脂酰丝氨酸（phosphatidylserine,PS）受体结合,将其锚定在巨噬细胞上,然后传递信号给Mertk以增强胞葬作用。单独的Tim4并不支持传递胞葬作用信号,但可增强TAM受体依赖性胞葬作用。因此,Tim4和Mertk需相互协调以使胞葬顺利完成,进而消除炎症促进组织修复,若二者之间失衡则使胞葬进程受阻,加剧炎症反应。然而,在IBD和IBD-CRC中Tim4与Mertk如何发挥协同作用调控胞葬?目前尚不清楚。基于以上研究现状,本文进行了以下研究:（1）在临床组织样本和动物模型中研究Tim4与Mertk及胞葬相关信号分子的变化,并分析其与IBD和IBD-CRC的关系;（2）在给予Tim4抗体阻断小鼠中建立DSS诱导的IBD模型,研究胞葬与Tim4和Mertk信号在IBD中的作用及调控机制;（3）将Tim4、Mertk敲减和过表达的THP1细胞与正常/凋亡的Jurkat细胞共培养,研究胞葬作用及Tim4与Mertk信号的协同调控机制;（4）基于转录组学分析Tim4对IBD和IBD-CRC生物学功能的影响。通过以上研究,以期从Tim4与Mertk协同调控胞葬这一新视角揭示IBD和IBD-CRC的发病机制,为其治疗提供新靶点。材料方法:（一）胞葬在IBD及其相关结肠癌中的变化1.各组小鼠结肠组织的病理学变化:（1）研究分组:30只SPF级BALB/c小鼠随机分成正常对照组、DSS组和CAC组。（2）模型构建:DSS组小鼠给予5%DSS溶液饮用。CAC组小鼠腹腔注射10mg/kg AOM,并连续饮用3%DSS溶液五天,后在第6-19天饮用无菌饮用水。以连续饮用3%DSS溶液和无菌饮用水为一个循环,连续三个循环。（3）通过H＆E染色检测正常对照组、DSS组和CAC组小鼠结肠的组织病理学变化。2.胞葬在各组小鼠结肠黏膜中的变化:通过组织免疫荧光和TUNEL检测正常对照组、DSS组和CAC组小鼠结肠的胞葬变化。3.各组人群结肠组织的病理学变化:通过H＆E染色检测对照组、活动期UC（AUC）、缓解期UC（RUC）、活动期CD（ACD）、缓解期（RCD）和CRC患者结肠的组织病理学变化。4.胞葬在各组人群结肠黏膜中的变化:通过组织免疫荧光和TUNEL检测对照组、AUC、RUC、ACD、RCD和CRC患者结肠的胞葬变化。5.巨噬细胞对凋亡细胞的胞葬作用:（1）凋亡Jurkat细胞模型的构建与鉴定:使用1μM星形孢菌素诱导Jurkat细胞凋亡。Hoechst 33342染色液和流式细胞仪鉴定Jurkat细胞凋亡。（2）细胞免疫荧光检测THP1细胞对凋亡的Jurkat细胞的胞葬作用。（二）胞葬相关基因在IBD及其相关结肠癌中的表达变化1.胞葬相关基因在各组小鼠结肠黏膜中的表达:通过Western blot、荧光定量PCR和组织免疫荧光检测胞葬相关基因Tim4、Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5在正常对照组、DSS组和CAC组小鼠结肠中的表达。2.胞葬相关基因在各组人群结肠黏膜中的表达:通过Western blot和荧光定量PCR检测胞葬相关基因Tim4、Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5在对照组、IBD和CRC患者结肠中的表达。（三）Tim4与Mertk协同调控胞葬在IBD及其相关结肠癌中的作用和机制1.整体研究（1）实验性结肠炎小鼠模型的建立及干预:（1）研究分组:40只SPF级BALB/c小鼠随机分成正常对照组、DSS组、DSS+Anti-tim4组和Anti-tim4组。（2）模型构建:DSS组小鼠给予5%DSS溶液饮用,在给予5%DSS溶液前12h,使用抗Fc抗体进行封闭,同时对小鼠腹腔注射免疫球蛋白G2b亚型抗体（Ig G2b抗体）。DSS+Anti-tim4组小鼠给予5%DSS溶液饮用,在给予5%DSS溶液前12h,使用抗Fc抗体进行封闭,同时对小鼠腹腔注射Tim4抗体阻断剂。Anti-tim4组小鼠给予正常饮水,在动物模型造模前,使用抗Fc抗体进行封闭,同时对小鼠腹腔注射Tim4抗体阻断剂。（3）监测各组小鼠体重、粪便粘稠度和粪便潜血变化。（4）H＆E染色检测各组小鼠结肠的组织病理学变化。（2）各组小鼠结肠黏膜中Tim4的表达:免疫组化实验检测Tim4在正常对照组、DSS组、DSS+Anti-tim4组和Anti-tim4组结肠中的表达并评分。（3）干预Tim4对小鼠结肠黏膜胞葬的影响:（1）组织免疫荧光和TUNEL检测各组小鼠结肠黏膜的胞葬变化。（2）Western blot和荧光定量PCR检测胞葬相关基因Tim4、Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros、ICAM1和ERK5在各组小鼠结肠的表达。（4）干预Tim4对小鼠结肠黏膜中巨噬细胞极化和促炎细胞因子的影响:通过Western blot和荧光定量PCR检测正常对照组、DSS组、DSS+Anti-tim4组和Anti-tim4组结肠中CD86（M1型巨噬细胞标记物）、i NOS（M1型巨噬细胞标记物）、CD206（M2型巨噬细胞标记物）和促炎因子（IL-1β、TNF-α和IL-6）的表达。2.细胞学研究（1）干预Tim4对细胞胞葬的影响:（1）构建Tim4过表达细胞株Tim4highT HP1和Tim4敲减细胞株Tim4lowTHP1。（2）细胞免疫荧光检测THP1+Jurkat、TH P1+Apoptosis Jurkat、NC-Tim4highTHP1+Jurkat、NC-Tim4highTHP1+Apoptosis Jur kat、Tim4highTHP1+Jurkat、Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat、NC-Tim4lowTHP1+J urkat、NC-Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat、Tim4lowTHP1+Jurkat和Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat组胞葬作用变化。（3）Western blot检测THP1+Jurkat、THP1+A poptosis Jurkat、NC-Tim4highTHP1+Jurkat、NC-Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat、Tim4highTHP1+Jurkat、Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat、NC-Tim4lowTHP1+Jurka t、NC-Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat、Tim4lowTHP1+Jurkat和Tim4lowTHP1+Ap optosis Jurkat组的Tim4、Mertk、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达。（2）干预Mertk对胞葬的影响:（1）构建Mertk过表达细胞株MertkhighTHP1和Mertk敲减细胞株MertklowTHP1。（2）细胞免疫荧光检测THP1+Jurkat、THP1+Apoptosis Jurkat、NC-MertkhighTHP1+Jurkat、NC-MertkhighTHP1+Apoptosis Ju rkat、MertkhighTHP1+Jurkat、MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat、NC-MertklowTHP1+Jurkat、NC-MertklowTHP1+Apoptosis Jurkat、MertklowTHP1+Jurkat和MertklowT HP1+Apoptosis Jurkat组胞葬作用变化。（3）Western blot检测THP1+Jurkat、THP1+Apoptosis Jurkat、NC-MertkhighTHP1+Jurkat、NC-MertkhighTHP1+Apoptosis Ju rkat、MertkhighTHP1+Jurkat、MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat、NC-MertklowTHP1+Jurkat、NC-MertklowTHP1+Apoptosis Jurkat、MertklowTHP1+Jurkat和MertklowT HP1+Apoptosis Jurkat组的Mertk、Tim4、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达。（3）Tim4与Mertk存在相互作用:通过免疫荧光和免疫共沉淀实验检测Tim4和Mertk在THP1细胞中的相互作用关系。（四）转录组分析Tim4在IBD及其相关结肠癌中的作用1.样本准备:首先提取正常对照组、DSS组、DSS+Anti-tim4组和Anti-tim4组小鼠的结肠组织总RNA,之后进行富集、片段化、逆转录、片段筛选和文库富集等处理,最后使用Illumina Novaseq 6000平台上机测序。2.转录组学测序数据分析:（1）样本间PCA分析。（2）筛选差异基因:差异基因分析软件为DEGseq,筛选的差异基因表达倍数为FC（Fold change）≧1,校正后的P值（p-adjusted）＜0.05。（3）对差异基因进行GO富集分析、KEGG富集分析和Reactome富集分析。3.胞葬信号通路与转录组测序数据的相关性分析:（1）筛选差异基因:筛选的差异基因表达倍数为FC（Fold change）＞0.5,P＜0.05。（2）对差异基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。4.转录组测序数据与免疫代谢相关基因的相关性:（1）确定免疫代谢相关基因ADTRP、ALDOB、APOBEC1、ASCL2、CEACAM7、CLCA1、CTXN1、ENO2、FLNA、GABBR1、NAT2、OLFM4、PEMT、PTPRU、SLC44A4和SNCG;（2）筛选差异基因:筛选的差异基因表达倍数为FC（Fold change）＞0.5,P＜0.05。5.胞葬信号通路与免疫代谢相关基因的相关性:（1）基于PCR array试剂盒确定96个胞葬信号通路基因。（2）使用R软件进行相关性分析。结果:（一）胞葬在IBD及其相关结肠癌中的变化1.各组小鼠结肠组织的病理学变化:H＆E染色可见对照组小鼠结肠组织结构完整,有平行的隐窝,肠绒毛正常。DSS组小鼠结肠组织结构不完整,损伤严重,黏膜表面糜烂和浅溃疡形成;固有膜出现炎症细胞浸润,隐窝脓肿形成。CAC组小鼠结肠丧失正常腺体结构,细胞表现为多形性,并呈现出显著的非典型性核仁,核仁突出且核质比高。2.胞葬在各组小鼠结肠黏膜中的变化:与对照组相比,DSS组和CAC组小鼠结肠的凋亡细胞数量更多,重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。3.各组人群结肠组织的病理学变化:H＆E染色可见对照组的结肠肠道结构完整,表面光滑,炎症轻微,无绒毛。AUC患者的结肠肠道结构破坏严重,黏膜呈现弥漫性炎症反应,固有膜全层弥漫性淋巴细胞、单核细胞等炎症细胞浸润,隐窝结构明显异常和杯状细胞减少。RUC患者的结肠肠道腺体结构变形、排列紊乱、数目减少等萎缩改变,隐窝结构紊乱。ACD患者的结肠肠道固有层见大量淋巴细胞聚集,结肠黏膜局灶增强性炎症伴基底部肉芽肿,出现裂隙状溃疡,杯状细胞增多,伴有充血、水肿、淋巴管扩张及纤维组织增生。RCD患者的结肠肠道黏膜结构破坏,隐窝结构变形,肠道纤维化和瘢痕收缩较明显。CRC患者的结肠肠道固有层界面不规则,锯齿状,细胞呈现出多行性,有较明显的非典型性核仁。4.胞葬在各组人群结肠黏膜中的变化:AUC、RUC、ACD、RCD和CRC患者比对照组结肠的凋亡细胞数量更多,重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。AUC患者比RUC患者结肠的凋亡细胞数量更多,胞葬作用更显著。ACD患者比RCD患者结肠的凋亡细胞数量更多,胞葬作用更显著。5.巨噬细胞对凋亡细胞的胞葬作用:STS组（极化的THP1细胞与凋亡Jurkat细胞共培养）比对照组（极化的THP1细胞与正常Jurkat细胞共培养）重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。（二）胞葬相关基因在IBD及其相关结肠癌中的表达变化1.胞葬相关基因在各组小鼠结肠黏膜中的表达:DSS组小鼠结肠黏膜Tim4表达显著高于对照组小鼠（P＜0.001）,而Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达显著低于对照组小鼠（P＜0.01）。CAC组小鼠结肠黏膜Tim4表达显著高于对照组小鼠（P＜0.01）,而Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达显著低于对照组小鼠（P＜0.05）。2.胞葬相关基因在各组人群结肠黏膜中的表达:IBD患者结肠黏膜Tim4表达显著高于对照组（P＜0.001）,而Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达显著低于对照组（P＜0.05）。CRC患者结肠黏膜Tim4表达显著高于对照组（P＜0.05）,而Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达显著低于对照组（P＜0.05）。（三）Tim4与Mertk协同调控胞葬在IBD及其相关结肠癌中的作用和机制1.整体研究（1）各组小鼠体重、DAI评分、结肠长度及组织病理学变化:（1）体重:对照组小鼠体重高于DSS组（P＜0.001）。DSS+Anti-tim4组小鼠体重高于DSS组（P＜0.05）。Anti-tim4组小鼠体重高于DSS+Anti-tim4组（P＜0.01）。（2）DAI评分:DSS组小鼠DAI评分高于对照组（P＜0.001）。DSS组小鼠DAI评分高于DSS+Anti-tim4组小鼠（P＜0.05）。Anti-tim4组小鼠DAI评分低于DSS+Anti-tim4组（P＜0.001）。（3）结肠长度:DSS组小鼠结肠长度低于对照组（P＜0.0001）。DSS组小鼠结肠长度低于DSS+Anti-tim4组（P＜0.05）。Anti-tim4小鼠结肠长度超过DSS+Anti-tim4组（P＜0.0001）。（4）结肠组织病理学:对照组和Anti-tim4组小鼠结肠结构完整,炎症轻微,肠绒毛正常,隐窝被覆杯状细胞、内分泌细胞和前体细胞。DSS组小鼠结肠组织结构不完整,损伤严重,黏膜表面糜烂和浅溃疡形成;固有膜出现急性、弥漫性中性粒细胞和淋巴细胞浸润。DSS组小鼠结肠组织学评分高于对照组（P＜0.001）。DSS+Anti-tim4组织学低于DSS组（P＜0.01）。DSS+Anti-tim4组织学评分高于Anti-tim4组（P＜0.01）。（2）各组小鼠结肠黏膜中Tim4的表达:DSS组小鼠结肠Tim4表达高于正常对照组（P＜0.05）。DSS+Anti-tim4组小鼠结肠Tim4表达低于DSS组（P＜0.05）。Anti-tim4组小鼠结肠Tim4表达低于DSS+Anti-tim4组（P＜0.01）。（3）干预Tim4对小鼠结肠黏膜胞葬的影响:DSS组小鼠结肠凋亡细胞数量多于对照组,重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。DSS组小鼠结肠凋亡细胞数量多于DSS+Anti-tim4组,重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。DSS+Anti-tim4组小鼠结肠凋亡细胞数量多于Anti-tim4组,重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。DSS组小鼠结肠Tim4和ICAM1表达高于对照组（P＜0.05）。对照组小鼠结肠Tim4和ICAM1表达高于Anti-tim4组（P＜0.05）。DSS组小鼠结肠Tim4和ICAM1表达高于DSS+Anti-tim4组（P＜0.05）。Anti-tim4组小鼠结肠Tim4和ICAM1表达低于DSS+Anti-tim4组（P＜0.05）。DSS组小鼠Mertk、Gas6、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达低于对照组（P＜0.05）。对照组小鼠结肠Mertk、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达低于Anti-tim4组（P＜0.05）。DSS组小鼠结肠Mertk、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达低于DSS+Anti-tim4组（P＜0.05）。Anti-tim4组小鼠结肠Mertk、MFGE8、Axl、Tyro3、Pros和ERK5表达高于DSS+Anti-tim4组（P＜0.05）。（4）干预Tim4对小鼠结肠黏膜中巨噬细胞极化和促炎细胞因子的影响:DSS组小鼠结肠黏膜中CD86、i NOS和CD206表达显著高于正常对照组（P＜0.05）。DSS+Anti-tim4组小鼠结肠黏膜中CD86、i NOS和CD206表达显著低于DSS组（P＜0.05）。DSS组小鼠结肠黏膜中IL-1β、TNF-α和IL-6表达显著高于正常对照组（P＜0.001）。DSS+Anti-tim4组小鼠结肠黏膜中IL-1β、TNF-α和IL-6表达显著低于DSS组（P＜0.01）。2.细胞学研究（1）干预Tim4对细胞胞葬的影响:（1）与THP1+Jurkat组相比,THP1+Apo ptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与NC-Tim4highT HP1+Jurkat组相比,NC-Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与Tim4highTHP1+Jurkat组相比,Tim4highTHP1+Apo ptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与NC-Tim4lowT HP1+Jurkat组相比,NC-Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。此外,与Tim4lowTHP1+Jurkat组相比,Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与THP1+Apoptosis Jurkat组相比,Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与NC-Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat组相比,Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与THP1+Apoptosis Jurkat组相比,Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更少,即胞葬作用受到抑制。与NC-Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat组相比,Ti m4lowTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更少,即胞葬作用受到抑制。（2）与THP1+Jurkat组相比,THP1+Apoptosis Jurkat组Tim4、Mertk、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达增加。与NC-Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat组相比,Tim4highTHP1+Apoptosis Jurkat组Mertk、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达降低,而Tim4表达升高。与NC-Tim4lowTHP1+Apoptosis Jurkat组相比,Tim4lowTHP1+Apopt osis Jurkat组Mertk、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达增加,而Tim4表达降低。（2）干预Mertk对细胞胞葬的影响:（1）与THP1+Jurkat组相比,THP1+Ap optosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与NC-MertkhighTHP1+Jurkat组相比,NC-MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与MertkhighTHP1+Jurkat组相比,MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与NC-Mertk lowTHP1+Jurkat组相比,NC-MertklowTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。此外,与MertklowTHP1+Jurkat组相比,Mertklo wTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与T HP1+Apoptosis Jurkat组相比,MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与NC-MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat组相比,MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat组胞重叠黄色部分更多且密集,即胞葬作用更明显。与THP1+Apoptosis Jurkat组相比,MertklowTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更少,即胞葬作用受到抑制。与NC-MertklowTHP1+Apoptosis J urkat组相比,MertklowTHP1+Apoptosis Jurkat组重叠黄色部分更少,即胞葬作用受到抑制。（2）与THP1+Jurkat组相比,THP1+Apoptosis Jurkat组Mertk、Tim4、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达增加。与NC-MertkhighTHP1+Apoptosis Jurka t组相比,MertkhighTHP1+Apoptosis Jurkat组Mertk、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达增加,而Tim4表达降低。与NC-MertklowTHP1+Apoptosis Jurkat组相比,MertklowTHP1+Apoptosis Jurkat组Mertk、Gas6、Pros和MFGE8蛋白表达降低,而Tim4表达增加。（3）Tim4与Mertk存在相互作用:免疫荧光、正向和反向免疫共沉淀实验结果均表明Tim4与Mertk在THP1细胞中存在相互作用。（四）转录组分析Tim4在IBD及其相关结肠癌中的作用1.Tim4和DSS对小鼠结肠组织转录水平的影响（1）正常对照组和Anti-tim4组之间的差异基因总数为1757个,其中表达上调基因795个,表达下调基因962个。差异基因富集的GO通路主要有炎症反应的调节、干扰素-γ产生的正向调节、细胞活化的负向调节、白细胞介导的免疫调节和免疫反应激活细胞表面受体。差异基因富集的KEGG通路主要有Fc gamma R介导的吞噬作用信号通路、Toll样受体信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路和NF-κB信号通路。（2）DSS组和DSS+Anti-tim4组之间的差异基因总数为1126个,其中表达上调基因653个,表达下调基因473个。差异基因富集的GO通路主要有炎症反应的正向调节、参与炎症反应的白三烯生成的正向调节、血管伤口愈合的负向调节、IL-33结合和细胞老化。差异基因富集的KEGG通路主要有HIF-1信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路。（3）正常对照组和DSS组之间的差异基因总数为2592个,其中表达上调基因727个,表达下调基因1865个。差异基因富集的GO通路主要有识别和吞噬、中性粒细胞趋化性、对肿瘤坏死因子的反应、细胞膜膜内陷和趋化因子活性。差异基因富集的KEGG通路主要有IL-17信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路和NF-κB信号通路。（4）DSS+Anti-tim4组和Anti-tim4组之间的差异基因总数为2573个,其中表达上调基因1691个,表达下调基因882个。差异基因富集的GO通路主要有炎症反应、细胞趋化性、信号受体结合、生长因子活性和细胞因子受体结合。差异基因富集的KEGG通路主要有IL-17信号通路、JAK-STAT信号通路、TNF信号通路、NF-κB信号通路和细胞因子-细胞因子受体相互作用的信号通路。2.胞葬信号通路与转录组测序数据的相关性分析（1）正常对照组和Anti-tim4组之间的差异基因与胞葬信号通路基因进行交集,获取的差异基因富集的GO通路主要有囊泡介导的运输调节、内吞囊泡、受体介导的内吞作用、组织稳态和跨膜运输的调节。差异基因富集的KEGG通路主要有Fc gamma R介导的吞噬作用信号通路、中性粒细胞胞外陷阱形成信号通路、粘附连接、Toll样受体级联信号通路和Fc epsilon RI信号通路。（2）DSS组和DSS+Anti-tim4组之间的差异基因与胞葬信号通路基因进行交集,获取的差异基因富集的GO通路主要有吞噬作用、吞噬和识别、吞噬作用的调节、细胞间粘附和IL-8生成的正向调节。差异基因富集的KEGG通路主要有吞噬体。（3）正常对照组和DSS组之间的差异基因与胞葬信号通路基因进行交集,获取的差异基因富集的GO通路主要有吞噬作用、内吞囊泡、囊泡介导的运输调节、肌动蛋白细胞骨架组织和外源性凋亡信号通路。差异基因富集的KEGG通路主要有吞噬体、Fc gamma R介导的吞噬作用、Toll样受体级联信号通路、中性粒细胞脱颗粒和粘附连接。（4）DSS+Anti-tim4组和Anti-tim4组之间的差异基因与胞葬信号通路基因进行交集,获取的差异基因富集的GO通路主要有吞噬作用、囊泡介导的运输调节、内吞作用的正调节、防御反应的调节和巨噬细胞活化的调节。差异基因富集的KEGG通路主要有吞噬体信号通路、Fc epsilon RI信号通路、HIF-1信号通路、中性粒细胞脱颗粒信号通路和IL-1家族信号通路。3.胞葬信号通路与免疫代谢相关基因的相关性:一共有3个预后模型的核心基因与胞葬信号通路的相关性＞0.4或者-0.4,分别是FLNA、OLFM4和NAT2。结论:1.IBD及其相关CRC结肠黏膜中胞葬作用增强,但胞葬配体Tim4与其它胞葬配体和桥接分子（Mertk等）的表达不平衡,导致胞葬进程受阻,进而促进炎症反应。2.阻断Tim4可减轻DSS诱导的小鼠结肠炎症损伤。3.Tim4与Mertk存在相互作用,阻断Tim4可上调TAM受体和胞葬桥接分子表达,这可能纠正IBD及其相关CRC中Tim4与其它胞葬配体和桥接分子的表达不平衡,进而减轻炎症反应。4.Tim4可能通过调控吞噬作用、炎症反应和免疫代谢等信号通路,参与IBD及其相关CRC的发病过程。