中国近年来农业生产高速增长,同时也伴随着农业生产过程中化学化和机械化的普及带来的日益显著的碳排放问题,以及土壤肥力下降、农业面源污染等生态环境问题。北大荒集团作为重要国有农业企业,对推动我国农业绿色发展,实现低碳农业目标有着重要意义。北大荒集团存在着环境资源投入较大,化肥（TN、TP）、农药农膜存在污染情况和农业碳汇增长缓慢的问题,这对北大荒生态效率的有着一定影响。进一步提高北大荒集团农业企业的生态效率,对协调北大荒资源、经济与环境的发展,促进北大荒的生态化发展具有现实意义。本文以北大荒集团9个分公司为研究对象,基于生态经济、低碳经济、可持续发展和两山理论,以2010-2020年面板数据,从低碳农业视角下将农业碳汇和总碳排放引入生态效率评价指标体系中,采用SUPER-SBM模型对9个农业企业的生态效率进行了综合评价,并对其影响因素进行了分析,为提升北大荒集团农业企业的生态效率提供合理建议。结果表明:静态效率结果显示,北大荒集团农业企业的生态效率呈逐年上升的趋势,各分公司效率值存在一定差异。动态效率结果显示,发现北大荒集团2010-2020年动态生态效率整体呈增长趋势,其中综合技术进步指数对GML指数的影响最大。影响因素上,农业经济发展水平、工业化水平、农业用电量对生态效率影响为正向效应,而机械化水平呈负向抑制作用。基于此,北大荒集团采取的策略:一是加强农业企业的经营管理水平,优化农业企业职能部门,加大农业企业的管理创新模式。二是推进北大荒集团农业企业的生态创新,应高度重视生态创新投入。并提高农业企业的科技人才水平,不断增强自身实力。基于政府层面制定的政策:第一,从在农业主体、科学技术、产业结构上三个方面推进以低碳农业为导向的农业转型升级,推进北大荒绿色化、产业化和生态化发展。第二,应该发挥农业优势进一步推进农业生态化创新,并加大对农业生态化的投入。第三,政府应对农民的农业投入要素量精准把控。应做到投入要素合理且适当,避免要素的浪费,造成不必要的农业污染。