目的：本研究通过针刺曲池、上巨虚（合穴配伍组）和天枢、大肠俞、上巨虚、曲池（合、募、俞配伍组）两组穴对组合，治疗功能性腹泻，比较两组穴对组合治疗功能性腹泻疗效情况，探明两组结果差异的原理，以探讨治疗功能性腹泻最佳穴对组合。方法：共纳入功能性腹泻患者57例，脱落4例，经各项检查合格，随机分为两组，分别进行针刺双侧曲池、上巨虚加电针刺激和左右交替针刺单侧曲池、上巨虚、天枢、大肠俞加电针刺激的治疗，共治疗4周，通过收集患者“功能性腹泻日记卡”，分别对两组患者基线期、入组后第2周、入组后第4周、入组后第8周进行疗效评估，收集各组各疗效评估点的周排便次数、粪便性状积分、正常排便维持时间等数据以分析，观察各组治疗效果。结果：1.两组功能性腹泻患者基线情况良好，分组比较均衡（P＞0.05），可比性较强；2.两组内比较，对入组后第2周、第4周、第8周的周排便次数、粪便性状改变及正常排便维持时间的各项评估均有显著差异（P＜0.05）；且后期疗效优于前期疗效；3.两组间比较，同一疗效评估点在周排便次数方面及粪便性状改变方面的比较有显著差异（P＜0.05）。且合穴配伍组在减少周排便次数上总有效率高于合募俞穴配伍组；合募俞穴配伍组在改善粪便性状积分方面总有效率高于合穴配伍组。结论：1.合穴配伍组（针刺双侧曲池、上巨虚）和合募俞穴配伍组（左右交替针刺单侧曲池、上巨虚、天枢、大肠俞）均能改善功能性腹泻的腹泻症状；2.合募俞穴配伍组在改善大便性状上较合穴配伍组疗效显著；3.合穴配伍组在减少周排便次数上较合募俞穴配伍组疗效显著；4.总体来看，合穴配伍组较合募俞穴配伍组在改善腹泻症状积分方面有更好的疗效。