农民工是我国社会转型时期出现的一个特殊群体，他们生活在城市，为城市发展作出了贡献，但却长期被排除在城市体制之外，受制度性就业歧视严重。农民工在选择职业和就业中受到的这种歧视不同于因年龄、身高等自然原因造成的歧视，制度性就业歧视形式上是合法的，实质上却是公权力对私权利的侵害。因此，其影响范围更广，程度更深，消除也更复杂。制度性就业歧视广泛地存在于农民工选择职业和就业过程中，如就业机会歧视，就业待遇歧视，就业社会保障歧视，就业安全保障歧视等。不仅影响了农民工在城市的生存和发展，阻碍了城市化进程的加快和统一劳动力市场的形成，而且以牺牲整体利益换取局部利益，造成了社会总利益的损失，不利于社会的公正，不利于平等的形成。　　 虽然近年来，中央高度重视农民工问题，对造成农民工就业歧视的政策、法规进行了清理，但造成制度性就业歧视的深层次原因还未根本消除。由城乡发展战略派生出的户籍制度造成的社会二元结构，是制度性就业歧视产生的最根本原因。城市政府管理的惯性思维和方法，传统的身份等级文化和权利观念的淡薄，让城市政府对农民工采取压制管理，往往置农民工权利于不顾，以牺牲农民工和社会整体利益来维护本地利益。农民工组织化程度不高，缺乏畅通的利益表达渠道，反就业歧视法律的缺失和司法、行政救济的不力，又让这种制度性歧视得以继续存在。农民工制度性就业歧视是由政府原因造成的，“解铃还需系铃人”，政府应该在制度性就业歧视的消除中承担起主要责任。政府应加快制度改革和体制创新，改革户籍制度及与其配套的就业和社会保障制度，健全和完善反就业歧视法律；转变思维意识和执政理念，树立平等意识、权利本位观，变管理型政府为服务型政府，为农民工提供司法和行政救济和相关就业服务。