我国的水利事业单位产生于计划经济时期，其主要职能是为社会提供基础性服务，伴随着经济体制改革，水利事业单位目前正在经历分类改革，同时伴随着绩效工资的施行，开展绩效评估有助于切实落实绩效工资制度。同时政府与水利事业单位存在委托代理关系，委托人为了衡量代理人是否履行了工作职责、是否为社会提供了高质量的公共产品，要求其进行绩效评估。然而水利事业单位在开展绩效评估过程中却存在着评估工作不能够得到重视、评估结果较为集中、绩效评估结果未得到充分运用等诸多问题。如何对单位职员工作业绩进行客观评价，提高职工的工作积极性，从而提高组织整体绩效，成为管理者面临的一大问题。本文以水利事业单位绩效评估为研究内容，深入分析其面临的问题，试图对改善我国水利事业单位绩效评估现状进行一次深度探索。本文立足绩效评估的理论和实践，结合水利事业单位的特征，通过透析水利事业单位绩效评估存在的问题及问题产生的根源，进一步设计了水利事业单位绩效评估指标体系。从水利事业单位岗位分类的角度，首先设计了水利事业单位管理岗位、专业技术岗位以及工勤技能岗位的通用绩效评估指标体系；其次针对每个大类别岗位选择一个典型子岗位进行专用指标的设计，采用层级分析法确定指标权重，然后以全视角评估理论为依据，构建多元评估主体；最后提出完善水利事业单位绩效评估工作保障机制的建议。