【摘 要】
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目的研究实体瘤中PRKDC突变与肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)、肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)以及免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)治疗反应和预后之间的关系。方法纳入癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中4023例泛癌种(PRKDC
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目的研究实体瘤中PRKDC突变与肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)、肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)以及免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)治疗反应和预后之间的关系。方法纳入癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中4023例泛癌种(PRKDC突变率前十位的10个癌种)实体瘤样本的全外显子测序(Whole exon sequencing,WES)数据和北京吉因加研究院数据库中3877例泛癌种(共8个癌种)实体瘤样本的目标序列捕获测序(Panel-based sequencing)数据,根据PRKDC突变与否分为PRKDC突变型组和PRKDC野生型组,应用Mann-Whitney U检验分析PRKDC突变与TMB之间的关系。纳入TCGA数据库中3541例泛癌种实体瘤样本的转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)数据,应用Mann-Whitney U检验研究PRKDC突变与TME中各种免疫细胞m RNA表达量之间的关系。获取ICIs治疗队列Hellmann非小细胞肺癌队列和Allen黑色素瘤队列的临床资料及WES数据,应用Kaplan-Meier法和COX比例风险回归模型分析PRKDC突变与ICIs治疗反应和预后的关系。结果在TCGA数据库中,除胆管癌之外,各癌种中PRKDC突变组的TMB均显著高于PRKDC野生型组(P<0.05);在北京吉因加研究院数据库的泛癌种中,PRKDC突变组的TMB显著高于PRKDC野生型组(TMB中值,17 vs.6;P<0.0001)。在TCGA数据库中,PRKDC突变组样本的CD8+T细胞、细胞毒性淋巴细胞、自然杀伤细胞、免疫检查点、趋化因子等基因集的m RNA表达量均显著高于PRKDC野生型组(P<0.05)。在Hellmann非小细胞肺癌队列中,PRKDC突变组的无进展生存期(Progression-free survival,PFS)较PRKDC野生型组有延长的趋势(中位PFS,未达到vs.6.8个月;HR,0.2893;95%CI,0.1255-0.6672;P=0.0650),COX比例风险回归模型提示PRKDC突变是PFS的一个独立预后因素(HR,0.240;95%CI,0.058-0.998;P=0.050)。在Allen黑色素瘤队列中,PRKDC突变组的总生存期(overall survival,OS)较PRKDC野生型组有延长的趋势(中位OS,1184天vs.250天;HR,0.5126;95%CI,0.2715-0.9679;P=0.1020),COX比例风险回归模型提示PRKDC突变是OS的一个独立预后因素(HR,0.361 95%CI,0.155-0.841;P=0.018)。结论在泛癌种实体瘤患者中,PRKDC突变能导致高TMB,增强肿瘤微环境中免疫细胞浸润;在非小细胞肺癌和黑色素瘤中,PRKDC突变与较好的免疫治疗预后相关,是ICIs治疗的独立预后因素。PRKDC突变可能作为泛癌种实体瘤患者ICIs治疗的疗效预测生物标志物。
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