21世纪是世界经济日益一体化的时代。这种全球经济的一体化使得权力和影响力正日益流向那些超国家机构，包括国际货币基金组织、世界银行、世界贸易组织(WTO)等。中国加入WTO，政府面临的最大挑战是政府自身。农业协议中的诸多条款无一不是针对农业行政管理体制的，需要政府来执行。正是基于这一背景，本文采用定性与定量相结合的方法，对我国农业行政管理体系进行了系统的研究，以期对我国农业行政管理体系日益完善与发展得出一些有价值的结论和政策建议。 本文从我国农业行政管理体系的沿革，目前存在问题，发达国家经验，绩效评价，改革影响因素，加入WTO的挑战及政策选择等几个方面对我国农业行政管理体系的发展进行了全面研究。 建国以来，我国农业行政管理体系历经变迁，时至今日，形成了涉及农业部、国土资源部、水利部、国家林业局、科技部、国家食品药品监督管理局、国家质量监督检验检疫总局、国家环境保护总局等多个部门在内的农业行政管理体系。这种脱胎于旧的计划体制的农业行政管理体系在职能、结构及其运作方式等方面都存在不少问题，已经不能适应经济和社会进一步发展的要求。 从发达国家的经验来看，作为自由市场经济代表的美国在农业管理方面实行综合与高度市场化的管理，而作为国家干预经济代表的日本则不断根据国际形势调整国内的保护与支持政策，充分重视农协的中介作用。他们的共同特点就是实行依法行政、依法治农。另外发达国家高度发展的农业第三部门在农业行政管理中发挥了重要作用，成为政府与农民、政府与市场、农民与市场之间的桥梁与中介，他们对内维护其成员利益，同时协助政府管理农业。 从国内的角度来看，总体上，我国农业行政管理取得了一定成效，但对农业行政管理绩效低下的批评却屡见报端，这就要对其进行科学合理的评价并借以提高绩效。对农业行政管理体系进行绩效评价，应根据合理的评价标准，选择合适的评价方法。另外，农民阶层由于预期收益大于预期成本而成为改革的动力因素，但这种动力的影响是十分微弱的。而农业行政管理体系自身虽然理论上应成为改革的动力，但现实中由于预期成本大于预期收益反而成为改革的阻力因素。消解改革阻力的根本办法是消除农业行政管理体系的一些管制特权。 再从加入WTO的现实情况来看，WTO的规则及农业相关协议给我国的农业行政管理体系提出了市场化、法治化、透明化等一系列挑战，适应WTO要求，改革农业行政管理体系成为现实的必然选择。 为促进我国农业行政管理体系的完善与发展，本文提出了在农业行政理念、农业行政制度和技术三个方面进行创新的政策建议。其中理念创新是前提，制度创新是核心，技术创新是保证。只有三方面都不断创新，才能不断提高我国的农业行政管理绩效，不断促进我国农业和农村社会的发展。