单个企业的资源和能力有限,且对于技术和知识力量的投入是长期而艰巨的工作,企业难以独立完成,于是需找合作者组建联盟成为发展的趋势。而高校和科研院所拥有高层次的人才以及知识技术,但是缺乏技术转化为生产力的条件和手段,因而高校和科研院所也需要寻找可以合作的企业。产学研协同创新应运而生。但是产学研协同创新的利益分配问题是制约产学研协同创新实现的关键所在。本文首先从国内外的产学研协同创新利益分配的研究现状入手,研究并分析了对于产学研协同创新利益分配的相关理论的研究现状。指出目前委托代理理论在供应链以及企业的薪酬激励的应用比较多,而在产学研协同创新中应用较少;关于公平偏好,对于产学研三方不同的风险与利益偏好缺乏深入的研究,几乎没有分析公平偏好对于产学研合作的博弈策略选择的影响;对于知识共享,在产学研协同创新的利益分配研究中很少涉及到协同效应与知识共享努力带来的利益分配的影响。针对于目前国内外研究现状的不足,本文通过公平关切和知识共享的视角研究委托代理模型,构建了公平关切下的产学研合作利益分配模型、公平关切下考虑知识共享的产学研协同创新利益分配模型。由于公平偏好涉及横向公平和纵向公平,因此分别构建了不考虑公平关切、学研方公平关切和产方与学研方公平均关切下的利益分配模型。并在信息对称和信息不对称两种情况下分别对模型进行了求解,得到最优状态下产学研努力水平、知识共享努力、固定支付、产出分享系数和各方最终受益等,通过对公平偏好和知识共享边际产出设置不同变量值进行数据MATLAB仿真,得出公平偏好和知识共享边际产出对产学研利益分配模型的影响。