行政指导作为一种社会现代化管理手段,以灵活、非强制等特点,在应对突发公共卫生事件,乃至整个现代法治行政和服务行政中都扮演着重要的角色。一方面,法治型、服务型政府以人为本的理念深入人心,这样就要求在充分调动行政相对人的积极性的基础上,巧妙运用行政指导,与行政处罚、行政命令等强制性的行政行为结合,以刚柔并济的方式来推动社会现代会治理发展进程。另一方面,自20世纪初中国以及全世界都相继爆发重大公共卫生事件,任何国家都必然会面临自然或人为因素印发的危机,而行政指导在应对危机中的沟通、协调与综合价值得到了体现。因此,探究行政指导的恰当方式是在应对突发公共卫事件中有效推行和日益发挥其积极作用的关键。2020年全国乃至全世界受到新冠肺炎疫情的冲击,阻碍了社会、经济的健康发展。而我国为了应对这一突发公共卫生事件,全国范围内企业停工停产,随着疫情防控工作的稳步进行,疫情传播得到控制,紧接着全国范围内的企业又开始复工复产。无论是在疫情防控还是企业复工复产,行政指导发挥了举足轻重的作用,但也存在着许多的不足。本文从软法治理、柔性管理的角度剖析行政指导在应对突发公共卫生事件中的价值,同时运用应急管理理论和政策工具理论,研究企业复工复产实践中的行政指导,通过归纳、总结、整理中央的政策文件和地方的以重庆市为例的政策文件,加以分类分析,并结合实践中存在的问题,探索完善行政指导的路径,以期为疫情防控工作及今后应对突发公共卫生事件提出建设性建议和方案。