高等教育的发展作为社会发展的活跃程度高、推动社会发展的重要动力,在知识经济时代,高等教育发展的程度,是国家在国际竞争重要的基础。我国同时面临着高等教育相对缺乏与高等教育质量不高问题,解决的这两大问题的关键在于提高高等教育生产率。因此研究高等教育生产率,探索生产率发展趋势和影响因素,对高等教育发展具有重要意义。全要素生产率是反映生产率的一项重要指标,反映生产活动投入产出的技术效率水平。对于全要素生产率的测度主要有索罗余值法、随机前沿生产函数法和非参数法。本研究使用DEAP2.1的Malmquist指数方法,对我国高等教育2000~2011年全要素生产率变化动态进行研究,并对其分解进一步研究我国高等教育全要素生产率增长的根源。通过研究可以得出以下结论,从整体来看,发现我国2000年以来,我国高等教育全要素生产率主要依靠技术进步,高等教育资源配置对我国高等教育全要素的增长作用并不明显,我国高等教育TFP仍处于粗放阶段。高等教育TFP对高等教育发展贡献率仍较低。从区域来看高等教育发达程度不同地区的高等教育TFP变动规律也有所不同,西部高等教育欠发达地区高等教育TFP比较倾向于依赖资源配置效率,而高等教育较发达的省份对技术效率变化依赖较大。从时间角度来看,我国高等教育TFP波动性较大,在高校扩招前期,高等教育TFP增长较快,但在2005年出现了最低点,随后有一定增幅,表现比较平稳,但是水平仍比较低。从投入产出角度来看,我国高等教育投入不断增大,产出数量也在增多,但是高等教育TFP增长缓慢,说明我国高等教育产出质量不高,在一定程度上存在着高等教育资源浪费的问题。通过分析,本文认为提高高等教育管理技术水平,高等教育走“内涵式”发展道路,是我国高等教育未来的战略发展的方向。通过研究探讨高等教育生产率研究的基本理论和方法,从微观与宏观角度对“高等教育生产率及其增长方式”进行研究,为我国高等教育发展及增长方式优化提出可行性对策。并根据研究结构提出国家、区域相应对策,因此,本研究具有很强的理论与现实意义。