论文部分内容阅读
极长链脂肪酸延伸酶家族基因(ELOVLs)是哺乳动物脂肪酸合成的起始酶和限速酶,其中ELOVL2和ELOVL5主要参与合成对人体有特殊营养价值的多不饱和脂肪酸。为了研究鸡ELOVLs基因家族的遗传多态性、组织表达特性及编码蛋白的特性和高级结构,本研究以宁夏地方优良品种静原鸡为研究对象,采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2和ELOVL5基因所有外显子和部分内含子序列进行遗传多态性检测,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对静原鸡肝脏、肌肉、心脏、睾丸、卵巢、腹脂6个组织中ELOVL2和ELOVL5基因的mRNA表达量进行检测、分析,通过生物信息学方法对ELOVL2和ELOVL5基因CDS区的理化性质、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、二级结构以及磷酸化位点等进行预测分析,研究结果表明:1.静原鸡ELOVL2和ELOVL5基因遗传多态性 静原鸡ELOVL2基因外显子7、8和内含子2、4、6上均存在多态性,其中ELOVL2基因外显子7(E2e7)和外显子8(E2e8)分别存在c.708G>A和c.888T>C的突变,均属于同义突变,两个突变位点均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);在ELOVL2基因内含子2(E212)扩增片段上共检测到5种基因型,4种等位基因,3个SNPs位点,分别为g.63372228+4918G>A的转换、g.63372228+5024 T>C的转换和g.63372228+4928C>A的颠换;在ELOVL2基因内含子6(E2I6)扩增片段上共检测到3种基因型,2种等位基因,1个突变位点,即g.63388000+748 G>C的颠换;在ELOVL基因内含子4(E2I4)扩增片段上共检测到4种基因型,3种等位基因,2个SNPs位点,分别为g.63386502+165 T>C和g.63386502+211 A>G;群体遗传学分析发现E2I2、E2I4和E2I6上的SNPs位点均呈中度多态,且都偏离Hardy-Weinberg平衡(0.01<P<0.05)。ELOVL5基因外显子上无突变,但在内含子2(E5I2)扩增片段上共检测到2种基因型,1个SNP 位点,为 g.88620433+1683 G>A,呈低度多态,且未偏离 Hardy-Weinberg 平衡(P>0.05)。2.静原鸡ELOVL2和ELOVL5基因的表达规 ELOVL2和ELOVL5基因在静原鸡腹脂、肝脏、肌肉、睾丸、心脏和卵巢组织中均有表达,其中ELOVL2和ELOVL5基因在肝脏中的相对表达量均最高且显著高于其它组织(P<0.05)。对ELOVL2和ELOVL5基因分别在不同组织中的表达差异进行分析比较,发现两个基因在腹脂中的表达量差异显著(P<0.05)。3.静原鸡ELOVL2和ELOVL5基因CDS区的生物信息学分析ELOVL2基因存在编码297个氨基酸的开放阅读框(894 bp),ELOVL2蛋白含有21个磷酸化位点(丝氨酸13个、苏氨酸5个、酪氨酸3个),具有较强的疏水区域,二级结构中α-螺旋和无规卷曲占主导。ELOVL5基因具有编码340个氨基酸的开放阅读框,全长1023 bp,EOVL5蛋白含有25个磷酸化位点(丝氨酸12个、苏氨酸8个、酪氨酸5个),亲水性较强,二级结构以伸展链和无规卷曲为主。ELOVL2和EOVL5蛋白均含有7个跨膜结构域,无信号肽序列,为稳定的非分泌型蛋白质。该研究结果为开展地方品种种质资源遗传评定及构建地方品种分子育种的技术平台奠定基础。