饲粮中的蛋白质是动物营养物质来源之一,未消化吸收的饲粮蛋白质可为肠道细菌提供营养并促进细菌繁殖,从而影响肠道菌群的组成及数量。饲粮不同蛋白水平在短期时间内对断奶仔猪肠道菌群及腹泻的影响报道较少。因此,本研究选取96头25日龄断奶的杜×长×大三元杂交仔猪随机分成4组,适应饲养一周后分别饲喂蛋白水平为18%、20%、22%和24%的饲粮。于饲喂后第6 h、24 h、72 h每组随机选取3头仔猪采集回肠、结肠内容物,提取细菌总DNA,运用高通量测序技术与实时荧光定量PCR技术分析细菌群落结构及数量变化,得到以下结果:（1）饲粮蛋白水平的升高可以增加断奶仔猪肠道内细菌α-多样性,但各组间差异不显著（P>0.05）;随着饲喂时间的增加仔猪肠道内多样性有增加的趋势。（2）所有肠道内容物样品（除样品H₁:饲喂6h时24%蛋白组的结肠样品及样品B2:饲喂24h时20%蛋白组的回肠样品）中相对含量最高的菌门为厚壁菌门（占总序列43.40%⁸2.74%）,其次为拟杆菌门（0.87%³5.43%）和变形菌门（1.51%²7.18%）;样品B2中无壁菌门的相对含量为12.17%,高于拟杆菌门6.39%,样品H1中放线菌门的相对含量为4.51%,高于变形菌门的相对含量（2.17%）。乳杆菌属为所有样品（除样品B3、D3、G3、H3:饲喂72h时20%、24%蛋白组的回肠样品及22%、24%蛋白组结肠样品）的优势菌属（4.03%⁶4.84%）。巨型球菌属的相对含量在样品B3、D3、G3、H3中分别为15.08%、17.86%、7.02%、8.12%,分别高于乳杆菌属14.71%、13.84%、4.03%、4.48%。（3）门水平上,增加饲粮蛋白水平可增加断奶仔猪回肠、结肠变形菌门、拟杆菌门的相对含量,饲喂72 h时,22%蛋白组结肠变形菌门的相对含量极显著高于其余三组（P<0.01）;饲粮蛋白水平增加可减少回肠、结肠厚壁菌门的相对含量,在72 h变化趋势最明显。属水平上,增加饲粮蛋白水平可增加回肠罗氏菌属、链球菌属的相对含量,结肠巨型球菌属、链球菌属的相对含量（P<0.05或P<0.01）;减少乳酸菌属、双歧杆菌属的相对含量（P<0.05）,饲喂72 h时含量变趋势化最明显。（4）饲粮蛋白水平的升高可以增加断奶仔猪回肠和结肠艰难梭菌、大肠杆菌数量,减少乳酸杆菌、双歧杆菌数量,罗氏菌数量回肠段增加、结肠段减少。在72 h时,22%、24%蛋白组与18%、20%蛋白组差异显著（P<0.05或P<0.01）。结论:断奶仔猪回肠、结肠内丰度最高的菌门为厚壁菌门,丰度最高的菌属为乳杆菌属。饲粮蛋白水平的增加对断奶仔猪回肠及结肠细菌α-多样性影响差异不显著,但可以增加回肠及结肠变形菌门、拟杆菌门的相对含量,减少厚壁菌门的相对含量;增加回肠、结肠链球菌属、回肠罗氏菌、结肠巨型球菌属的相对含量。高蛋白水平饲粮（22%、24%蛋白水平）可增加断奶仔猪回肠、结肠内艰难梭菌和大肠杆菌的数量,减少乳酸杆菌、双歧杆菌、罗氏菌的数量,增加了仔猪腹泻的风险。