植物新品种保护是科技进步与社会发展的产物。我国于1997年颁布了《中华人民共和国植物新品种保护条例》,1999年加入《国际植物新品种保护公约》启动实施植物新品种保护制度。十年来,各级农业、林业行政部门和企事业单位积极地、创造性地开展工作,使植物新品种保护事业取得长足进展。实践表明,制度的实施为保护我国的植物遗传资源、激励育种创新、加快新品种产业化进程,促进国际经济、技术合作等均起到重要作用。然而从研究层面来看,从经济学角度分析植物新品种保护制度实施效应及影响因素的研究仍不多见。我国植物新品种保护申请量在分布结构上是否合理?制度实施对品种权人研发创新行为的影响如何?品种权转让、自主实施和许可实施等不同实施方式效应如何?不同主体对植物新品种保护制度认知程度如何,以及对制度实施影响因素做出何种评判?这些问题都有待于通过研究做出同答。本文从农业领域植物新品种保护制度实施的申请量分布结构分析入手,通过对植物新品种保护制度实施所涉及的农业育种科研单位、种子企业、育种家等品种权主体问卷调查的方式,收集了大量第一手资料,并运用描述统计、线性回归等方法进行分析,研究发现值得研究分析的问题以及研究得出主要结论如下:首先,以82家农业种子企业、科研与教学单位的问卷调研数据为基础,应用回归分析的办法,对新品种保护制度和育种者研发创新行为之间的关系进行实证分析,结果表明:对新品种未来的市场预期是影响育种者研发创新的最主要因素,保护力度对研发创新也有正向影响,但影响程度并不是最大的。其次,通过案例分析和回归分析的方法,分析了转让、许可和自主实施三种实施方式的实施效应。结果显示:三种实施方式中,转让实施给品种权人带来的收益最大;品种权人的收益不但受实施方式的影响,同时还受植物新品种保护制度本身的影响;植物新品种保护制度对品种权人的成本收益都有正向的影响,其利润变动方向取决于成本和收益对保护力度的敏感程度。再次,通过对历年我国农业植物新品种申请量、授权量以及有关品种权事务进行统计发现,2005年以来年申请总量逐年下降,且申请量在地区、属种、申请主体等方面的结构分布十分不均,在提交了申请和获得授权的新品种中,申请权撤回和品种权主动放弃的情况增多。最后,对植物新品种保护制度实施情况及影响因素问卷的分析结果看:制度宣传力度不够,宣传方式和宣传渠道不畅直接影响申请数量;目前制度设计还存在诸多不合理,影响实践操作;与品种权相关的资本市场、交易市场等还不完善;育种研究与种子市场未紧密相连,申请存在盲目性;品种权在保护期限届满前终止数量增多,其主要原因是品种保护失去意义。提出的政策建议包括:(1)加大对植物新品种保护制度的宣传力度,提高保护意识;(2)发展植物新品种保护代理机构和相关中介组织;(3)加强行政执法机构和司法机关的协调与配合;(4)简化申请程序,建立产权交易市场,同时加大经费投入,强化政策支持。