核桃（Juglans regia L.）作为重要资源树种,栽培历史悠久,种植环境多样,衍生出性状各异的丰富种质资源。其中,特异性品种“紫京”核桃全树呈紫红色,与花青素的积累密不可分。花青素是黄酮代谢途径上的终产物之一,其积累几乎涉及到该途径上所有相关的类黄酮中间代谢物、结构基因和转录因子。本研究以“紫京”和普通绿色核桃“绿岭”为植物材料,对紫叶和绿叶进行了转录组学测序与分析,基于全基因组学对调控核桃类黄酮代谢的重要转录因子JrR2R3-MYB基因家族进行全基因组鉴定分析。主要内容与结果如下:1.通过Illumina平台对“紫京”和“绿岭”的叶片材料进行了转录组测序,共获得42.2Gb Clean Data。从中鉴定出3,554个差异表达基因,其中1,345个差异基因在“绿岭”中高表达,占全部差异表达基因的37.8%;2,209个下调基因在“紫京”中高表达,占比62.2%;共有2,848个差异表达基因映射到不同的GO功能节点;1,240个差异表达基因参与到131个代谢途径或信号通路;1,347个差异表达基因被归类为24个COG功能类别。在所有差异表达基因中,筛选出了26个分别编码5种类黄酮通路合成代谢的相关酶（CHS、F3H、F3’5’H、ANS、UFGT）和3种转录因子（MYB、b HLH、WD40）的差异候选基因。差异基因表达分析结果显示,MYB基因Jre01G10809,b HLH基因Jre04G12060、Jre16G10842、Jre12G11703、Jre01G12132,WD40基因Jre06G11608、Jre01G10226、Jre01G11791,ANS基因Jre15G10098,CHS基因Jre07G12835,F3H基因Jre04G11647,UFGT基因Jre04G11311和Jre04G11317呈现出在“紫京”中表达量显著上调于“绿岭”,意味着这些差异基因与紫色叶片中类黄酮与花青素合成或有紧密关联。q RT-PCR验证结果表明除Jre11G10514、Jre11G11451和Jre14G10919外,其他基因的表达水平均与转录组基本一致。2.以核桃‘Chandler’v2.0为参考基因组对重要的转录因子R2R3-MYB进行了全基因组分析,并利用转录组数据筛选花青素合成相关JrR2R3-MYB候选基因。在核桃中共鉴定出204个JrR2R3-MYB基因,根据系统发育树可分为29个亚组,其中大多数具有相似进化关系的基因同时具有相似的外显子-内含子结构和保守基序。启动子的顺式作用元件分析结果显示出JrR2R3-MYB具有多种功能,例如光反应、代谢物反应和应激反应。JrR2R3-MYB基因不均匀分布在16条染色体上,MCScan X结果显示JrR2R3-MYB基因家族的扩张主要是由全基因组复制事件（WGD）引起,Ka/Ks分析表明这些基因处于负选择状态。转录组分析与系统发育分析共同确定了9个差异表达的JrR2R3-MYB基因（Jr MYB22、Jr MYB23、Jr MYB24、Jr MYB27、Jr MYB115、Jr MYB129、Jr MYB194、Jr MYB198和Jr MYB217）可能与花青素合成有关,q RT-PCR实验结果显示这些基因在“紫京”中的表达水平高于“绿岭”。本研究基于转录组学和全基因组学,对核桃类黄酮代谢通路上的部分结构基因和转录因子进行了表达模式的研究,同时对R2R3-MYB基因家族进行了鉴定分析,为探索核桃类黄酮合成相关基因的功能特性提供了一定基础,为核桃育种提供相关理论依据,同时为提高核桃感官品质吸引消费者提供重要线索。