随着国际贸易的与日俱增,作为中国政府积极应对世界经济格局的变化所采取的重要措施则是力推上海航运中心的建设,将上海洋山港区打造成国际枢纽中心已经势在必行。在2009年国务院出台了《关于推动上海加快发展现代服务业和先进制造业建设国际金融中心和国际航运中心的意见》,其中启运港退税制度是备受关注的制度之一。退税是出口企业最关心的问题,因为退税流程以及管理效率会直接影响到我国出口企业的利益。启运港退税制度是基于出口退税制度的创新,即国内货物离港只要被确定发往上海洋山港区即视为如同出口并办理退税。在制度未出台时,很多出口企业为了尽早拿到退税款,就选择釜山港等国际枢纽港作为中转港。在制度出台后,退税时间明显缩短从而吸引外贸货物聚集在上海洋山港出口,在一定程度上冲击了韩国釜山港等枢纽港的国际地位。在2014年,财政部、海关总署、国家税务总局联合发布了关于《扩大启运港退税试点范围的通知》,将原来的两个试点扩大到八个试点。随着适用范围的扩大,此制度的优势不言而喻但其自身的问题以及其他因素制约制度效果的发挥也随之凸显。本文将从五个部分来分析启运港退税制度。第一部分是启运港退税概述,从其概念、适用范围、操作流程以及特点四个方面进行阐述。第二部分是启运港退税必要性分析,包括三方面:一是启运港退税促进国际贸易发展;二是启运港退税进一步推动国际航运中心建设;三是启运港退税是宏观经济调控的需要。论文的第三部分分析启运港退税制度与WTO原则、SCM协定以及中国法律的相符性。要符合WTO规则下的透明度原则,就需要以法律或者行政法规的形式对制度作出全面规定,增强制度的权威性、稳定性和公示效力。另外,本文认为此制度没有构成出口补贴,与SCM协定相符。税务总局、海关、以及财政部出台规章规定了启运港退税制度的具体细则,因此,启运港退税制度在中国是有法可依的。第四部分提出了该制度目前主要存在以下问题:制度立法层级低;税收监管以及海关监管存在漏洞;港口制度叠加导致启运港制度价值缩水;适用范围较窄;未充分考虑运输企业受益性。第五部分是完善启运港退税制度的建议,其中包括:将制度纳入《增值税法》调整范围内提高其立法层级;制定法规与实现信息共享从而优化税收监管;加大惩处力度与明确查验率标准完善海关监管;规范保税港区立法使制度优势发挥;扩大制度的适用范围;提高启运港制度操作性使航运企业受益。