随着我国经济科技的不断发展，我们已不再满足于成为世界工厂赚取微利润，国家的制度政策和企业本身导向都不断的提出自主创新，高新技术企业是以技术创新为主导，因此，如今高新技术企业飞速发展。高新技术企业具有高投资、高风险、高收益等特点，不同于传统企业，因此高新技术企业价值评估方法和传统企业的价值评估方法也不尽相同。根据高新技术企业的特点，找出适合高新技术企业的价值评估方法显得非常重要，这既是社会发展的需要，也是企业和个人进行高新技术企业投资的需要。本文分析了传统企业价值评估常用的方法，并指出了其不适用于高新技术企业价值评估的原因，提出了本文要基于平衡计分卡和网络分析法进行高新技术企业价值评估。运用平衡计分卡原有的四个维度进行企业价值评估是不全面的，所以在此基础上增加了公司治理和供应商两个维度，在六个维度中，选取最能体现每个维度的高新技术企业价值评价指标；在此基础上，运用网络分析模型建立各个维度和各个评价指标间的网络模型和指标体系，并应用SuperDecisions2.0.8版本软件进行运算，实现对高新技术企业价值评估的排序。从高新技术企业价值评估过程中，可以得出高新技术企业价值评价指标的优势度，企业可以根据这个优势度，合理配置企业有限的资源，实现资源的优化配置；通过得出的高新技术企业价值排序，企业、机构投资者或个人可以借此进行权衡或投资。虽然基于平衡计分卡和网络分析法的高新技术企业价值评估模型是可行、可靠的，但此方法可能仍存在着不足，但是为今后的研究者提供了思路。