本文以医药市场中原研药企业与仿制药企业矛盾激化而产生的滥用专利现象为研究来源,以当前在医药行业出现的医药专利反向支付协议为研究对象,以反垄断法基本原则中的合理原则的适用为研究视角,以构建合理的违法性认定路径为研究目的,最终的落脚点为探讨我国反垄断法对医药专利反向支付协议的规制问题。文章论述的主线是:分析医药专利反向支付协议的内涵、背景和现状,指出其法律适用中存在的利益冲突,并论证反垄断法规制的必要性;以反垄断法如何规制为焦点,分析基本原则的选择与违法性认定的考量因素,进而提出完善医药专利反向支付协议的反垄断法规制的具体建议。本文由引言、正文、结语三部分组成,其中正文分为五部分:第一部分是医药专利反向支付协议的基本说明。该部分首先从典型案例入手,剖析不同案例中协议的具体内容及表现形式,提取行为共性和特征;其次在案例分析的基础上进一步分析阐释医药专利反向支付协议的基本含义和法律性质;最后全面分析了医药专利反向支付协议产生的背景,包括法律背景和行业背景,以期探究行为产生的根源。本章是全文研究的基础,为后文的展开做了铺垫。第二部分是反垄断法规制医药专利反向支付协议的必要性。该部分着重解决的是法律适用中知识产权法和反垄断法的选择和权衡。从理论、实践两个层面分别进行论证,在理论层面上,由于医药专利反向支付协议是一种私有性和社会性矛盾突出的滥用知识产权行为,需要兼具公私性质的反垄断法进行规制,并引入后芝加哥学派的“消费者福利导向”来论证反垄断法规制与医药专利反向支付协议的契合性;在实践层面,就国际环境来说,无论是美国还是欧盟都使用反垄断法进行规制,国际经济一体化的市场竞争环境也要求反垄断法及时规制,就我国立法现状来说,与医药专利反向支付协议相关的《专利法》、《药品管理法》等法律法规都没有对该行为做出规定,亟待反垄断法的规制。第三部分是医药专利反向支付协议违法性认定的基本原则。该部分的论证焦点是基本原则的选择,基本原则是违法性认定中的核心问题,但目前理论界和实务界,就该问题并没有达成共识。笔者梳理美国法院在基本原则选择上所经历的曲折探索,并归纳目前学者关于基本原则选择的主要观点,再对本身违法原则、专利排他权测试原则、合理原则的优劣进行比较分析,最终确定基于医药专利反向支付协议的双重法益性、表现形式复杂性,应该适用合理原则进行违法性认定。第四部分是医药专利反向支付协议违法性认定的考量因素。该部分是在合理原则适用的基础上的具体分析,结合经济分析的手段从行为的内部、外部两个维度来剖析违法性认定可考量的因素,其中内部考量因素包括协议的目的、形式、规模、约定的进入时间;外部考量因素则包括相关市场的竞争程度和主体在市场中的地位。最后,通过对内外部各考量因素进行综合,权衡行为的正竞争效果和反竞争效果,来最终确认该医药专利反向支付协议是否违反反垄断法的规定。第五部分是我国反垄断法规制医药专利反向支付协议的完善建议。该部分是文章的落脚点,从立法、执法和司法三个方面提出完善建议。立法上建议尽快出台滥用知识产权执法指南,将滥用知识产权行为系统化并将医药专利反向支付协议纳入指南范围;执法中确保执法主体的独立性、专业性,执法行为的规范化;司法中完善责任追究机制,包括引入私人诉讼制度和惩罚性赔偿制度。