结核病是一种对人类健康及社会稳定构成严重威胁的传染性疾病。中国是22个结核病高负担国家之一,患病人数居世界第二位,因此结核病的防治仍是刻不容缓的任务。由于结核病具有潜伏感染的特点,传统的流行病学方法对于研究结核病的传播具有很大局限性。分子流行病学是分子生物学与流行病学研究方法相结合产生的新兴学科,在研究结核病传播规律方面有着不可替代的优势。结核分枝杆菌中有一类具有相似遗传背景的北京基因型菌株。这类菌株的分布广泛,在世界各地都发现有北京基因型菌株的流行,并造成多次爆发流行,人们提出北京基因型菌株可能是致病性更强、传播更迅速以及耐药形成更容易的一类菌株。目前,根据北京基因型菌株的定义,需要Spoligotyping分型来鉴定。但是,另一方面,Spoligotyping仅仅作为鉴定北京基因型菌株又显得过于复杂和繁琐。2005年,Tsolaki等在对结核分枝杆菌的研究中发现了一些长序列多态性位点(large sequence polymorphisms,LSPs),其中RD 105是指结核分枝杆菌基因组中的一段缺失区域(79567-83034bp),在其研究的37株北京基因型菌株中都发现这段缺失区域,并提出RD105可以作为北京基因型菌株的分子标志。本研究中,我们通过检测RD105与北京基因型菌株的相关性,评价其作为分子标志的可行性,在此基础上建立快速鉴定北京基因型菌株的新方法。我国主要流行菌株中具有较多的北京基因型菌株,建立适用于北京基因型菌株的结核病的分子流行病学研究方法可以揭示结核病传播途径,从而制定有效结核病控制策略来控制结核病传播。目前广泛应用IS6110-RFLP对结核分枝杆菌进行基因型分型,是基因型分型的金标准,其分辨率高,但操作复杂,结果分析复杂而困难,使其应用受到很大局限。而Spoligotyping分型方法,相对简单,但分辨率低,尤其对于北京基因型菌株流行的地区,具有相同Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株不能进一步区分,往往难以达到分型目的。利用基因组DNA上特定位点的数目可变串连重复序列(variable-number tandem repeat,VNTR)进行基因型分型是在真核生物中常用的方法,它在PCR的基础上提供的结果是重复序列的数目,简单明确,易于比较。近来,VNTR基因分型法越来越受到重视,被认为是研究结核分枝杆菌的分子流行病学及种系进化的有效工具。但是现有的VNTR位点对于中国北京基因型菌株的分辨率有限,因此建立一种简便、快速、适合中国北京基因型菌株分型的VNTR分型方法显得尤为重要。现在已经有越来越多的研究着重于新的高分辨率位点的研究,但是每种分型方法的评价与研究地区的样本密切相关。因此,需要进一步找出新的适合我国菌株分型的VNTR分型方法。本研究通过文献检索收集已发现的49个VNTR位点,以流动人口较少的崇明岛收集结核分枝杆菌临床评估VNTR位点的分辨力,筛选对北京基因型菌株有高分辨力的位点,优化了2套VNTR位点组合。结核病患者在不同的发病部位或者在同一病程中感染两种或两种以上的结核分枝杆菌菌株,称为多重感染。多重感染的研究对药敏结果的判断和治疗方案的评价,对结核病的控制策略以及疫苗发展都有重要意义。VNTR分型可以简单快速的鉴定结核分枝杆菌多重感染。针对同一病人肺内和肺外不同部位的结核分枝杆菌的多重感染问题,我们对10位病人的肺内及肺外结核菌株,应用建立的VNTR基因分型方法对其进行分析,发现所有病人的肺内肺外结核菌株都是相同的。本研究应用分子流行病学的方法,研究结核分枝杆菌感染患者的多重感染问题,对结核分枝杆菌的感染及传播的研究提供了证据,提出了新的思考。