近年来，随着中央对“三农问题”的重点关注，持续加强对农业产业的扶持力度，如何发展好农村地区经济，提高农民收入成为关注的重点问题。我国农民专业合作社作为农村重要的合作经济组织，为降低农民的交易费用，提高农民的市场主体地位和抵御市场风险做出了重要贡献。利益问题一直是人类社会经济活动的关键问题，中国的合作社作为新兴组织发展时间有限，在利益机制特别是利益分配上还存在大量问题，解决不好合作社的利益分配问题会影响合作组织的稳定和社员的积极性，进而影响合作社的生存发展和社员的自身利益。虽然我国在2007年实施的《农民专业合作社法》中明文规定了合作社的盈余分配顺序、原则和比例，但由于现实情况较复杂，具体执行中还存在诸多问题，导致目前我国合作社盈余分配很不规范。本文在前人研究的基础上，从合作社作为合作组织的本质性质出发，以合作博弈为理论指导，从合作社利益相关者入手，分析由于资源禀赋的不同各利益相关者在合作社的地位作用和相互关系，然后综合前人的研究成果总结了影响合作社利益的因素，并根据这些因素分别单独提出分配方案，同时以求合作博弈解的方式从合作博弈角度提出分配方案，最后利用TOPSIS方法进行综合赋权，提出了综合考虑各因素的分配方案，为现实中合作社的利益分配提供有益的帮助。本文首先对合作社利益分配的相关理论和合作博弈理论进行的梳理，并从利益相关者角度分析了目前我国合作社创办过程中涉及的主要利益主体，以及他们在合作社中各自的地位和作用；其次分析了我国合作社利益分配的现状和存在的问题，并分析了影响利益分配的主要影响因素；再次，建立合作社的合作博弈模型，并分别从求解合作博弈解和利益分配影响因素两方面建立相应的分配模型，运用TOPSIS方法提出了一种综合赋权各个分配模型的分配方式；然后，通过算例对比分析该方法的可行性和优点，并根据算例的分析结果认为该方法比考虑单一因素的分配犯法发更加科学合理。最后，本文结合算例结果认为，合作社的制度和机制还有待完善，需要整合合作社利益目标、建立利益风险保障机制、加强合作社法律法规的宣传、制定完善组织章程和管理制度、健全监管机制等措施保障合作社的分配制度公平合理。