基于线粒体COI和微卫星的日本条螽谱系地理分布格局研究

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日本条螽Ducetia japonica(Thunberg,1815)隶属于直翅目Orthoptera、螽斯科Tettigoniidae,在我国广泛分布。本研究从日本条螽基因组中筛选出11个多态性微卫星位点,并对691个个体进行了基因分型,同时成功扩增796条线粒体COI序列。本研究共涉及79个国内种群,2个国外种群(新加坡、老挝),按照中国动物地理分布区划将国内种群划分至东北区、华北区、华中区、华南区和西南区。为了研究日本条螽种群的遗传结构和遗传多样性,采用微卫星DNA和线粒体COI两种不同的分子标记对日本条螽种群进行分析,并预测了日本条螽在中国的分布。主要研究结果如下:1.基于Maxent模型及Arcgis空间分析技术,对日本条螽在我国的分布情况进行预测。结果显示AUC平均值为0.892,最干月降水量(bio14)、最湿月降水量(bio13)、最暖季度平均温度(bio10)是影响日本条螽分布的主要因子,贡献率分别为39.3%、31.6%、9.2%。对未来(2050、2070)适生区的预测,2种外排情景RCP26、RCP85的总适生区均比当前气候的总适生范围小。2.对COI序列进行分析共发现159个单倍型,其中共享单倍型18.87%,独有单倍型81.13%,Hap3是最大的单倍型。整体来看,单倍型多样性(Hd)为0.9307,核苷酸多样性(π)为0.01391,平均核苷酸差异(k)为9.150。从5大分区来看,东北区遗传多样性显著低于其他区,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.585、0.00113。从单倍型网络图可以看出最大的单倍型位于华北区,大部分地理距离较近的种群,在网络图中聚集到一起。基于单倍型构建的NJ树表明东北区与华北区位于系统发育树的基部,华南区与西南区位于系统发育树的端部。3.基于微卫星数据来看,11个微卫星位点的平均观测杂合度(Ho)0.599,平均期望杂合度(He)0.639,多态信息含量PIC值从0.729到0.961,所有位点均偏离哈迪-温伯格平衡(HWE)。国内种群等位基因(Na)的范围从5.000到16.545,观测杂合度的范围为0.384-0.857,期望杂合度的范围为0.571-0.883。相对于其它区来说,东北区的遗传多样性较低,其观测杂合度和期望杂合度分别为0.569,0.829。基于微卫星数据构建的UPGMA系统发生树分为两大支,东北区种群为一支,其它种群聚为一支(华北区种群与华中区种群聚在一起,华南区种群与西南区种群聚在一起)。同时STRUCTURE聚类结果表明东北区结构单一,而其他区种群之间均存在基因渗透,华北区含有的种群结构最为丰富。这一结果也说明东北区日本条螽种群在进化关系上与其它地区种群关系较远,与其它地区之间已经发生一定的遗传分化。4.两种分子数据的遗传分化结果均表明,除东北区外其它地区之间处于中低度遗传分化水平,华中区、华南区和西南区两两之间基因交流频繁,新加坡、老挝种群与华南区种群遗传分化程度最小,Mantel检验结果也表明地理距离与遗传距离存在正相关关系。5.用突然扩张模型对5个区进行错配分布检测,只有华北区观测曲线和模拟曲线拟合。同时中性检验结果表明华北区的Tajima’s D和Fu’s Fs值为负,且显著偏离中性假说(P<0.05),而SSD值和r值不显著,这表明不能拒绝种群扩张的假说,更一步证实了华北区经历过种群扩张。
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