随着我国改革开放的不断深入，单个农户逐渐成为农产品生产和农产品流通的基本单位。在此基础上，我国农产品流通组织形式也变得更加灵活多样。这种多样性是符合我国当前农户具有分散性且农产品种植规模小的实际情况的。但是，在农产品流通组织中流通环节多，流通效率低，交易成本高的问题依然是制约我国农产品流通组织向规模化、制度化发展的一个瓶颈。因此，如何在保障组织中各交易主体利益的同时，减少交易成本，提高交易绩效是本文主要所研究的问题。首先，本文在对我国不同的农产品流通组织现状分析的基础上，运用交易成本的基本理论对农产品流通组织在经济维度和社会维度两个方面进行了分析。从分析的结果来看，在农产品流通组织中，第三方的介入和干预对交易的次数和交易的稳定性起了很大的作用。“农户+中介组织+龙头企业”的组织形式相对于其他农产品流通组织形式而言，在经济利益的分配上，农户权利的获得上以及契约关系的稳定上都占有一定的优势。其次，由于人的有限理性、机会主义而造成组织中违约的现象频繁发生，导致交易成本过高，交易绩效下降。针对这种情况，通过对组织中各交易主体的博弈关系分析，证实了在维护契约稳定性方面需要加大监督力度，提高对违约的惩罚力度，这样才能保障组织中的利益均衡。再次，对于降低不同农产品组织形式的交易成本所采取的治理机制进行分析。主要的治理机制包括市场机制，关系机制和契约机制。而关系机制在各个组织形式中都起到了非常重要的作用。因此，重视我国农村社会中固有的人际关系，这对今后我国农产品流通组织的发展有很大的促进作用。最后，本文在总结前文分析的基础上，根据我国的具体国情，提出了符合我国农产品流通组织发展的政策建议。