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黑升麻是一种生长在北美东部的毛茛科毛茛属植物，其根茎提取物三萜皂苷类物质多种具有生理活性。GABA受体是中枢神经系统内最主要的抑制性神经递质受体，是多种药物的作用靶标，同时又与多种人类的精神类疾病相关；HIV逆转录酶和HIV整合酶是抗艾滋病药物设计的理想靶点。研究发现，黑升麻根茎提取物对两种受体蛋白均有抑制作用；为了阐明其抑制作用机理及指导新型药物的研发，本论文通过计算机模拟方法，对GABAA受体、HIV逆转录酶和HIV整合酶的结构及其与配体作用方式进行了探索研究，主要工作内容包括：1)利用分子对接和分子动力学模拟的方法，探索黑升麻根茎提取物三萜皂苷类化合物与大鼠GABAA受体的结合方式，并计算两者的结合自由能，给出了其与GABAA受体的具体结合方式，明确了结合时起重要作用的氨基酸残基，通过分析三萜皂苷类化合物与受体结合的作用模式，发现23-O-acetylshengmanol3-O-β-D-xylopyranoside同GABAA受体的结合力最强。2)利用分子对接的方法，分别将黑升麻根茎提取物三萜皂苷类化合物与HIV逆转录酶、HIV整合酶进行对接，解释黑升麻根茎提取物三萜皂苷类化合物抗艾滋病的作用机理。3)利用同源建模的方法，以烟碱型乙酰胆碱受体蛋白(nAChR)为模板构建了果蝇RDL同源五聚体通道模型。利用该模型对氟虫腈及其衍生物进行了分子对接，探索氟虫腈与昆虫GABA受体的作用模式。本论文在实验数据的基础上，采用分子模拟方法从分子水平上解释三萜皂苷类化合物治疗更年期症状及抗艾滋病的作用机理，同时构建了果蝇RDL同源五聚体通道模型并初步探索了相关氟虫腈衍生物与其结合模式。