改革开放以来，我国的经济实力有了极大的增强，人民的生活水平也不断地提高，社会的各项事业蓬勃发展。在教育事业方面，从基础教育到高等教育都得到了前所未有的发展，无论在学校的硬件建设，还是软件建设都有着非常大的成绩。但是，在高校内，也出现许多的经济腐败问题，其产生的最主要原因还是高校内部缺乏必要和健全的内部控制体系。　　 高校作为社会的一个组织，其一切活动应该遵循基本的准则。同时，高校作为一个特殊的组织，在社会的发展中又起着特殊的作用。因而对高校的经济活动进行研究，探索高校的内部控制体制与机制，具有特殊的意义，尤其对于我国高校由国家承办的体制来说，显得就更为重要。本文旨在研究内部控制在新疆高校中的运用，从总体上把高校作为独立经营的法人组织，探索内部控制理论在高校这一组织中的有效运用。　　 本文首先对内部控制作了简要的概述，明确内部控制的定义，阐述了内部控制的产生及其各个发展阶段；并论述了内部控制的构成要素及方法体系。在分析新疆高校内部控制现状的基础上，进一步阐述了新疆高校内部控制设计的原理和方法，并根据高校内部控制评价的指导思想，论述高校内部控制的总体评价的诸方面内容。在文章的最后，针对新疆高校内部控制中存在的问题，提出了加强新疆高校内部控制的建议。