在DNA序列中,模体(Motif)就是指DNA序列中保守的序列片段,而从DNA序列中发现这些模体的过程就是模体发现(Motif Discovery),模体对DNA的转录翻译起着重要作用,因此模体的关联分析对研究基因表达有着重大意义和理论价值。　　 本文首先对模体发现问题的基本建模方法进行了分析,并且对基于不同模体模型的模体发现算法进行了研究和分析,着重讨论了基于投影技术的随机投影算法与均匀投影算法,相比较于随机投影,均匀投影算法采用了一种贪婪的启发式的方法来近似的覆盖所有的投影,从而比随机投影在算法的效率和精度上有更好的表现。此外,本文在对判据搜索算法深入研究的基础之上,提出了一种基于判据筛选的均匀投影算法。该算法通过对均匀投影得到的有效桶进行判据筛选,滤除掉大部分的干扰桶,减少了用于建模与优化的有效桶的数目,从而提高了算法的性能。通过对算法进行的理论分析和仿真试验研究表明,它能够很好的发现生物序列中所蕴涵的模体。该算法也可以应用于所有投影算法应用过的其它领域,比如:蛋白质序列的比对等。